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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002040

染色体: Chr05 坐标: 21233337-21242290 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002040
名称SmilChr05G002040
描述zinc finger CCCH domain-containing protein 44-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21233337 - 21242290 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986679
GeneID130986679
locus_tag-
NCBI NameLOC130986679
原始查询SmilChr05G002040

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger CCCH domain-containing protein 44-like
产物zinc finger CCCH domain-containing protein 44-like
ArabidopsisAT3G51120 (AT3G51120)
zinc finger CCCH domain-containing protein 44 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824276]
identity=45.9; qcov=0.352; evalue=1.33e-119; confidence=low
RiceOs09g0530500
-
identity=49.9; qcov=0.279; evalue=1.1e-111; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF02201 (SWIB); PF02213 (GYF); PF03126 (Plus-3); PF25980 (NERD_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766130.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766130.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766130.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766130.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21233605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:21233617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:21233635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B41
Chr5:21233739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:21233769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B16
Chr5:21233772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:21234102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr5:21237096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:21237114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C3,C62
Chr5:21237357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B69,B9
Chr5:21237379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B41,B93
Chr5:21237454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766130.1
1468 aa
N
1
734
1468
SWIB
Plus-3
NERD_plant
GYF
C
PF02201 SWIB 392-449 aa PF03126 Plus-3 516-619 aa PF25980 NERD_plant 642-690 aa PF02213 GYF 804-844 aa
XP_057766131.1
1465 aa
N
1
732
1465
SWIB
Plus-3
NERD_plant
GYF
C
PF02201 SWIB 392-449 aa PF03126 Plus-3 516-619 aa PF25980 NERD_plant 642-690 aa PF02213 GYF 801-841 aa
XP_057766132.1
1431 aa
N
1
716
1431
SWIB
Plus-3
NERD_plant
GYF
C
PF02201 SWIB 392-449 aa PF03126 Plus-3 516-609 aa PF25980 NERD_plant 609-653 aa PF02213 GYF 767-807 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766130.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 392 449 2e-13 50.6 SWIB/MDM2 domain
XP_057766130.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 516 619 2.6e-22 80.1 Plus-3 domain
XP_057766130.1 Pfam PF25980 NERD_plant Domain 642 690 5.9e-24 84.3 Plant NERD domain
XP_057766130.1 Pfam PF02213 GYF Domain 804 844 3.4e-12 46.6 GYF domain
XP_057766131.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 392 449 2e-13 50.6 SWIB/MDM2 domain
XP_057766131.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 516 619 2.6e-22 80.1 Plus-3 domain
XP_057766131.1 Pfam PF25980 NERD_plant Domain 642 690 5.8e-24 84.4 Plant NERD domain
XP_057766131.1 Pfam PF02213 GYF Domain 801 841 3.4e-12 46.6 GYF domain
XP_057766132.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 392 449 2e-13 50.6 SWIB/MDM2 domain
XP_057766132.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 516 609 8e-18 65.7 Plus-3 domain
XP_057766132.1 Pfam PF25980 NERD_plant Domain 609 653 6.2e-21 74.7 Plant NERD domain
XP_057766132.1 Pfam PF02213 GYF Domain 767 807 2.7e-12 46.9 GYF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910147.1
TTTTTTCATTACTGCTCTCTCTGCTACAATAAAGTAAACAAATCCAAATTCAACATTCATCCCTCTCAGCCAACCCCACCGTCCACCTTCCTGATTCTGCGAGATTGCTCGTGATCGATGATTCTGGAGTTTGGTCTGACTGGGATTCCCCGCTGCCAAAATTTTAGATTTTTTTAGGGTTCTTCTTTTTCTCTCAAATGGAGAATATTGAGACTCTGCTAGCTGCTGTAGCTCAGACGCAAGGGTTTGATGACGATGAT...
XM_057910148.1
TTTTTTCATTACTGCTCTCTCTGCTACAATAAAGTAAACAAATCCAAATTCAACATTCATCCCTCTCAGCCAACCCCACCGTCCACCTTCCTGATTCTGCGAGATTGCTCGTGATCGATGATTCTGGAGTTTGGTCTGACTGGGATTCCCCGCTGCCAAAATTTTAGATTTTTTTAGGGTTCTTCTTTTTCTCTCAAATGGAGAATATTGAGACTCTGCTAGCTGCTGTAGCTCAGACGCAAGGGTTTGATGACGATGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986679
ATGGAGAATATTGAGACTCTGCTAGCTGCTGTAGCTCAGACGCAAGGGTTTGATGACGATGATGATGAGCCGGTTGCTTCTACGCCGTCGGTGGAGAATTCCGCGTCTGCGCCGGTCACTCAGCTGGTTGCTGCAGATGTTCGGCCTTCTCCGGCGGTGGGGCAGGTGATCGGCGCCGGGGAGAAGCGGAAGAGAGGGCGGCCGCCCAAGGCGCAGCTCGCGGTCAATCCTCCGCCGCCTAAGCGGATTAAAGTTGAGGA...
LOC130986679
ATGGAGAATATTGAGACTCTGCTAGCTGCTGTAGCTCAGACGCAAGGGTTTGATGACGATGATGATGAGCCGGTTGCTTCTACGCCGTCGGTGGAGAATTCCGCGTCTGCGCCGGTCACTCAGCTGGTTGCTGCAGATGTTCGGCCTTCTCCGGCGGTGGGGCAGGTGATCGGCGCCGGGGAGAAGCGGAAGAGAGGGCGGCCGCCCAAGGCGCAGCTCGCGGTCAATCCTCCGCCGCCTAAGCGGATTAAAGTTGAGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057766130.1
MENIETLLAAVAQTQGFDDDDDEPVASTPSVENSASAPVTQLVAADVRPSPAVGQVIGAGEKRKRGRPPKAQLAVNPPPPKRIKVEDEEEDVCFICFDGGSLVLCDRKGCPKAYHPACIKRDEAFFQSKAKWNCGWHICSVCRKASYFTCYTCTYSLCKSCIKKEDFLCVRGNKGFCSTCIKPIMLIENKDQATNDSIKVDFDDKLSWEYLFKMYWLLLKEKLSLTLSEITQAKNPWKIVATEACKPQFNNVLPAAVGGE...
XP_057766131.1
MENIETLLAAVAQTQGFDDDDDEPVASTPSVENSASAPVTQLVAADVRPSPAVGQVIGAGEKRKRGRPPKAQLAVNPPPPKRIKVEDEEEDVCFICFDGGSLVLCDRKGCPKAYHPACIKRDEAFFQSKAKWNCGWHICSVCRKASYFTCYTCTYSLCKSCIKKEDFLCVRGNKGFCSTCIKPIMLIENKDQATNDSIKVDFDDKLSWEYLFKMYWLLLKEKLSLTLSEITQAKNPWKIVATEACKPQFNNVLPAAVGGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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