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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002043

染色体: Chr05 坐标: 21269243-21274259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002043
名称SmilChr05G002043
描述uncharacterized SmilChr05G002043
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21269243 - 21274259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986682
GeneID130986682
locus_tag-
NCBI NameLOC130986682
原始查询SmilChr05G002043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述altered inheritance of mitochondria protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824274]; symbol=AT3G51100; hit=AT3G51100; species=arabidopsis; confidence=high
产物altered inheritance of mitochondria protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824274]; symbol=AT3G51100; hit=AT3G51100; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G51100 (AT3G51100)
altered inheritance of mitochondria protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824274]
identity=48.9; qcov=0.814; evalue=5.55e-57; confidence=high
RiceOs06g0713900
-
identity=50.6; qcov=0.735; evalue=2.49e-56; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF26631 (DUF8204)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057766136.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057766136.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057766136.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766136.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766136.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21272384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:21273903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B1,B2,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766136.1
226 aa
N
1
113
226
DUF8204
C
PF26631 DUF8204 62-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766136.1 Pfam PF26631 DUF8204 Domain 62 153 1.9e-41 141.1 Domain of unknown function (DUF8204)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910153.1
TATCAATTTTTTTACATTTGTTCAGTTTTACCACCGTTTTTCAATTCTCCAATTTAAATTTGATGTGGCTTGCTGACACGCGCTACATTTTTCTCATCGGATAAGTTAAACACAACGCTTAGTAAGAGTACAAAACTACGTCGTTTATACATGTTTATTGCCCAATCCATAGAATTGAAATCATAACTCTAAATTATCATCATCATCGTCGTCGTCTTTTTCTTCTTCTTTGGCATATTCACACCGAGGCGAGCGTGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986682
ATGGCGGAAGAGAGAGCGAAGAACGACGACGAAGAGAAGGCGATTCCGCGCCCAAAAATGGCTGAAAAGCCCAGCTCCGGCTCACTTGGCGCTCCTACCAATTCTAAACCGGAAATTCCAAATCCGAACGATTTCACAACGAAGAAAACGAATTATGCTGAAACCGCTGGCAATGGCGGGAACAAGGGGAGATCGTGCAAAGGCTGCCTTTATTATTCTTCGCAATTTAAATCCAATTCTAGGAATCCACTCTGCGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766136.1
MAEERAKNDDEEKAIPRPKMAEKPSSGSLGAPTNSKPEIPNPNDFTTKKTNYAETAGNGGNKGRSCKGCLYYSSQFKSNSRNPLCVGVSRSIPNAPRYIVGKSEMEASKEGKVLRDFKYGCIGYSLYADQKNRTSDAPQSEPELPVCIGLEVLVDRKIKESLSDGNRLPQHQSPQPTNASRDEFLSRFTRNANLIANGVAKNIRRVGNQIKRNLDDIMYPYRKRPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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