Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002060

染色体: Chr05 坐标: 21470801-21472300 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002060
名称SmilChr05G002060
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21470801 - 21472300 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986692
GeneID130986692
locus_tag-
NCBI NameLOC130986692
原始查询SmilChr05G002060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
产物leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
ArabidopsisAT5G66330 (AT5G66330)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836765]
identity=57; qcov=0.969; evalue=6.45e-151; confidence=high
RiceOs02g0647300
-
identity=43.3; qcov=0.913; evalue=2.79e-86; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057766144.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057766144.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766144.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766144.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766144.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21471025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C46,C60
Chr5:21471036 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr5:21471036 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr5:21471078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr5:21471225 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B113,D5
Chr5:21471225 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B113,D5
Chr5:21471498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B64,B85,B91,C37
Chr5:21471514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B16
Chr5:21471624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr5:21471639 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B13
Chr5:21471639 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B13
Chr5:21471723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766144.1
415 aa
N
1
208
415
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_4
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 81-141 aa PF13855 LRR_8 105-165 aa PF00560 LRR_1 107-128 aa PF13855 LRR_8 129-189 aa PF00560 LRR_1 130-152 aa PF00560 LRR_1 154-176 aa PF00560 LRR_1 178-196 aa PF13855 LRR_8 222-280 aa PF13516 LRR_6 244-258 aa PF12799 LRR_4 244-283 aa PF00560 LRR_1 245-264 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766144.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 81 141 3.2e-31 107.6 Leucine rich repeat
XP_057766144.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 105 165 3.2e-31 107.6 Leucine rich repeat
XP_057766144.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 107 128 3.5e-30 98.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766144.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 129 189 3.2e-31 107.6 Leucine rich repeat
XP_057766144.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 130 152 3.5e-30 98.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766144.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 154 176 3.5e-30 98.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766144.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 196 3.5e-30 98.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766144.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 222 280 3.2e-31 107.6 Leucine rich repeat
XP_057766144.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 244 258 6.8e-10 38.9 Leucine Rich repeat
XP_057766144.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 244 283 7.5e-23 80.8 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057766144.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 245 264 3.5e-30 98.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910161.1
TGAGTAGCATAGCATGACATTAATGGTAGCACCATAGCATGAGACGCTCCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTAGAATCATTACACTCCCTGCAACTCCACTCCCTGCTTCCATCATCCATCTCTTCCTCCAAATTCACTCCAATCACCAAAAATGGTAACAACTCCACCTCTCCCACTCCTCACTCTCTCTCTCCTCTACCTGGCCATGCACGCCAGCTCCGCCACCCACTGGCAAGACGTACAAGTCCTGAAGCAACTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986692
ATGGTAACAACTCCACCTCTCCCACTCCTCACTCTCTCTCTCCTCTACCTGGCCATGCACGCCAGCTCCGCCACCCACTGGCAAGACGTACAAGTCCTGAAGCAACTGAAAGGTACAATCGCCCCAAGCTCAATCCCCCCCGCCTCCTGCATCGACTCCTGGGACTTCTCCGTCGACCCCTGCGACTCCCTCTTCTCCGACAAATTCACCTGCGGCTTCCGCTGCGATGATTCCTCCTCCCGCCTCACCGAGCTCACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766144.1
MVTTPPLPLLTLSLLYLAMHASSATHWQDVQVLKQLKGTIAPSSIPPASCIDSWDFSVDPCDSLFSDKFTCGFRCDDSSSRLTELTLDSAGYSAPLSAVSWSSLPYLQSLDLSANNFSGPIPQSLSGLPRLRRLALSRNSLSGPIPHSLGSLTQLEEMYLDNNMLNDSIPPALNGLKNLRRLEFQGNQLSGELPDLTQLATLNFLDASDNALSGNLPAALPPSLVELVARNNQIQGTIPAFAAPSLQVLDLSHNKLSGSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器