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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002069

染色体: Chr05 坐标: 21541680-21544580 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002069
名称SmilChr05G002069
描述mitochondrial inner membrane protease ATP23-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21541680 - 21544580 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986699
GeneID130986699
locus_tag-
NCBI NameLOC130986699
原始查询SmilChr05G002069

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial inner membrane protease ATP23-like
产物mitochondrial inner membrane protease ATP23-like
ArabidopsisAT3G03420 (AT3G03420)
Ku70-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821258]
identity=50.3; qcov=0.914; evalue=5.2e-50; confidence=medium
RiceOs04g0482700
-
identity=44.4; qcov=0.939; evalue=4.29e-37; confidence=medium
GOGO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0031314 (extrinsic component of mitochondrial inner membrane); GO:0033615 (mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly); GO:0034982 (mitochondrial protein processing)
KEGG-
PfamPF09768 (Peptidase_M76)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766153.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.80000 XP_057766153.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057766155.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766153.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21541870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C85
Chr5:21541925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:21543651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B52,B57,C24,C29
Chr5:21543686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B16,B19,C47
Chr5:21543701 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr5:21543701 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr5:21543793 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A10,A2,B26,B53,B58,C4,C59,C83,D2
Chr5:21543827 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A10,A2,B26,B53,B58,C4,C59,C83,D2
Chr5:21543832 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A10,A2,B26,B53,B58,C4,C59,C83,D2
Chr5:21543987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B9,C54,C57,D7
Chr5:21544186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C24,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766153.1
204 aa
N
1
102
204
Peptidase_M76
C
PF09768 Peptidase_M76 31-201 aa
XP_057766154.1
204 aa
N
1
102
204
Peptidase_M76
C
PF09768 Peptidase_M76 31-201 aa
XP_057766155.1
163 aa
N
1
82
163
Peptidase_M76
C
PF09768 Peptidase_M76 31-151 aa
XP_057766156.1
163 aa
N
1
82
163
Peptidase_M76
C
PF09768 Peptidase_M76 31-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766153.1 Pfam PF09768 Peptidase_M76 Family 31 201 4.2e-48 164.0 Peptidase M76 family
XP_057766154.1 Pfam PF09768 Peptidase_M76 Family 31 201 4.2e-48 164.0 Peptidase M76 family
XP_057766155.1 Pfam PF09768 Peptidase_M76 Family 31 151 1.4e-34 120.0 Peptidase M76 family
XP_057766156.1 Pfam PF09768 Peptidase_M76 Family 31 151 1.4e-34 120.0 Peptidase M76 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910170.1
ATAATTCAAAATAAATAAATAAAATCCTAATTAGCTATTGGAATATATAAAAAAGGAAATTGAAACAAAACCCTATTAGCTACCCATTTCCCCACAGCAATTCAGCTGCACGCGCACACCTTCTCTCTCTCTGCACATACGCCGCCCGTCCTCTCCTTCTCATCGCCGCTGCAGATCCGCCATCCTTTCCCTCTCGGAGCCGCCCCTAATTGTCATAGAAGTAACAAATCTTTGGAATTGAGGAGTTGATGGGAGACGAA...
XM_057910173.1
TTGAAACAAAACCCTATTAGCTACCCATTTCCCCACAGCAATTCAGCTGCACGCGCACACCTTCTCTCTCTCTGCACATACGCCGCCCGTCCTCTCCTTCTCATCGCCGCTGCAGATCCGCCATCCTTTCCCTCTCGGAGCCGCCCCTAATTGTCATAGAAGTAACAAATCTTTGGAATTGAGGAGTTGATGGGAGACGAAGATGTTGGTTCCACGCCATCATCTGCTACTGCTGAGTCGCCCTCCTCGGTCCCTCCCCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986699
ATGGGAGACGAAGATGTTGGTTCCACGCCATCATCTGCTACTGCTGAGTCGCCCTCCTCGGTCCCTCCCCCGCTCGGAATGACGCTGGAGCTATGCCGGAATAATATCCAGAAAGCTTTACACAATCCAAAGGTGAAAACTCTGATGGAGAGTATGGAGAAATCTGGATGCAAAATCGGAGAGAATTTCTTCAAGGCTAAATATTGCAGAGGTGTACACGCCGGTCATTTCAGCAGGGGGCGAGGGATTGGAATATGTTG...
LOC130986699
ATGGGAGACGAAGATGTTGGTTCCACGCCATCATCTGCTACTGCTGAGTCGCCCTCCTCGGTCCCTCCCCCGCTCGGAATGACGCTGGAGCTATGCCGGAATAATATCCAGAAAGCTTTACACAATCCAAAGGTGAAAACTCTGATGGAGAGTATGGAGAAATCTGGATGCAAAATCGGAGAGAATTTCTTCAAGGCTAAATATTGCAGAGGTGTACACGCCGGTCATTTCAGCAGGGGGCGAGGGATTGGAATATGTTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057766153.1
MGDEDVGSTPSSATAESPSSVPPPLGMTLELCRNNIQKALHNPKVKTLMESMEKSGCKIGENFFKAKYCRGVHAGHFSRGRGIGICCNYMGHNDYLVQAMIHELIHAYDDCRAANMKWDSAAHQACSEIRANHLSGDCHIIREFLRGNLKLKLNEIKAHEPKCVKNRAARSVAACGHSPATTEAAIEGVWDTCYNDKAPFDPAP
XP_057766154.1
MGDEDVGSTPSSATAESPSSVPPPLGMTLELCRNNIQKALHNPKVKTLMESMEKSGCKIGENFFKAKYCRGVHAGHFSRGRGIGICCNYMGHNDYLVQAMIHELIHAYDDCRAANMKWDSAAHQACSEIRANHLSGDCHIIREFLRGNLKLKLNEIKAHEPKCVKNRAARSVAACGHSPATTEAAIEGVWDTCYNDKAPFDPAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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