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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002071`

染色体: Chr05 坐标: 21570030-21572765 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002071`
名称	SmilChr05G002071
描述	lipoyl synthase 2, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21570030 - 21572765 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986701`
GeneID	`130986701`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986701`
原始查询	`SmilChr05G002071`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipoyl synthase 2, mitochondrial
产物	lipoyl synthase 2%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G20860` (LIP1) lipoic acid synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816619] identity=83.6; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0455800` (LIP1) - identity=83.7; qcov=0.88; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0009107 (lipoate biosynthetic process); GO:0016992 (lipoate synthase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding)
KEGG	smil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04055 (Radical_SAM); PF16881 (LIAS_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986701

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057766157.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057766157.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766157.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766157.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766157.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21570370`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	B134,B25,B26,B47,B52,B61,C15,C46,C57
`Chr5:21571174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B108,B130
`Chr5:21571511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:21572295`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	179	A10,A11,A18,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A7,B10,B100,B104,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B119,B120,B122,B123,B124,B125,B128,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C15,C17,C18,C19,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C34,C36,C38,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C7,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D9
`Chr5:21572300`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	178	A10,A11,A18,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A7,B10,B100,B104,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B119,B120,B122,B123,B124,B125,B128,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C15,C17,C18,C19,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C34,C36,C38,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D9
`Chr5:21572372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr5:21572462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,C27,D3
`Chr5:21572508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766157.1

384 aa

192

384

LIAS_N

Radical_SAM

PF16881 LIAS_N 52-121 aa PF04055 Radical_SAM 141-306 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766157.1`	Pfam	`PF16881`	LIAS_N	Family	52	121	2.4e-15	57.5	N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family
`XP_057766157.1`	Pfam	`PF04055`	Radical_SAM	Domain	141	306	1.4e-21	78.1	Radical SAM superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910174.1
AAAATGGGGAAAAAAATGCTATCCCAGTCATCTTCCAAATTCAACCACCCAAGGAGAGAGAGAGAGAGGTCGAAGCAGAATGAATTTGATCGCTACTCGAGCCCTCAAATCCAAATCCACCCGCTTTGCGCTCTCTCGATTCACCCAATTTTATTCCACAACCGCGGCGCCGCCGCCATCTCCGCCGCACTCGGATTTCCAGAACTACCCACATACCCTCGATGGCCTGCGCCGCAGGCTCGACGATGAATCGCCGTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986701
ATGAATTTGATCGCTACTCGAGCCCTCAAATCCAAATCCACCCGCTTTGCGCTCTCTCGATTCACCCAATTTTATTCCACAACCGCGGCGCCGCCGCCATCTCCGCCGCACTCGGATTTCCAGAACTACCCACATACCCTCGATGGCCTGCGCCGCAGGCTCGACGATGAATCGCCGTCGCTGGGCGACTTCATCAAACTTCAATCCGACAACAGCTATTCGGTGGAGGTGGGAACGAAGAAGAAGCCGTTGCCAAAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766157.1
MNLIATRALKSKSTRFALSRFTQFYSTTAAPPPSPPHSDFQNYPHTLDGLRRRLDDESPSLGDFIKLQSDNSYSVEVGTKKKPLPKPKWMKESIPGGDKYTHIKKKLRELKLHTVCEEAKCPNLGECWXGGETGTATATIMILGDTCTRGCRFCNVKTSRTPPPPDPNEPTNVAEAIASWGLEYVVITSVDRDDLPDQGSAHFAETVQKLKILKPTMLIEALVPDFRGDADCVEKVATSGLDVFAHNIETVEELQSAVRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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