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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002072

染色体: Chr05 坐标: 21595431-21597910 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002072
名称SmilChr05G002072
描述glutaredoxin-C3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21595431 - 21597910 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986702
GeneID130986702
locus_tag-
NCBI NameLOC130986702
原始查询SmilChr05G002072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutaredoxin-C3-like
产物glutaredoxin-C3-like
ArabidopsisAT1G77370 (AT1G77370)
Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844073]
identity=63.1; qcov=0.635; evalue=8.8e-51; confidence=high
RiceOs02g0646400 (OsGRX10)
-
identity=61.9; qcov=0.615; evalue=4.13e-49; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0015038 (glutathione disulfide oxidoreductase activity); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00280 (Valine, leucine and isoleucine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00340 (Histidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00462 (Glutaredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766158.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057766159.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766158.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766158.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21595644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr5:21595868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B16
Chr5:21596060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,B62,C34
Chr5:21597032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B1,B102,B12
Chr5:21597408 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 31 A22,A7,B12,B130,B136,B30,B36,B38,B39,B59,B66,B72,B76,B85,B86,B90,B92,C18,C21,C26,C29,C33,C43,C56,C6,C65,C70,C72,C83,C84,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766158.1
202 aa
N
1
101
202
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 108-170 aa
XP_057766159.1
192 aa
N
1
96
192
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 108-170 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766158.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 108 170 3e-16 60.1 Glutaredoxin
XP_057766159.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 108 170 2.7e-16 60.2 Glutaredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910176.1
TTAAACAAAATTGCAGAATTTTTAGCCCAACTTTATTTCATGATTCATCCTTCAACTTGGTGTACACAATTACCAACATACCCTGAAAGGGACCAACCCTTAGATTTCATGGAAAAGGGAAAATCCCAAATCGCAATCTTGTCCTAAATTTTGGAACTTTGAAAAATTCCAAGAAAAAAATCGTAAAACTTTGCAAGAGAATGAACGCTTCCTCAAAATCTCTTCTGCCCCACTTCCCTTCTTCAACGCGGCTCGCTACG...
XM_057910175.1
GAAAGGGACCAACCCTTAGATTTCATGGAAAAGGGAAAATCCCAAATCGCAATCTTGTCCTAAATTTTGGAACTTTGAAAAATTCCAAGAAAAAAATCGTAAAACTTTGCAAGAGAATGAACGCTTCCTCAAAATCTCTTCTGCCCCACTTCCCTTCTTCAACGCGGCTCGCTACGCACTCCCATTTCTACAAAGGTGTGAATTTTCTGCCGAGAAGGGTTATTCTGCAACTTAGCTGTAGCTGCGAGCGCCAGCTGAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986702
ATGAACGCTTCCTCAAAATCTCTTCTGCCCCACTTCCCTTCTTCAACGCGGCTCGCTACGCACTCCCATTTCTACAAAGGTGTGAATTTTCTGCCGAGAAGGGTTATTCTGCAACTTAGCTGTAGCTGCGAGCGCCAGCTGAAAAGGGAGAGCGGAAACGACGCCGTTGCGAGCGAGATGATGTCGGCAGCTGGTTTGCAGCGGCGATCAGCTCTGATTGCAGCTGTGGCTTGTATGCTGGTGATCGGAAATGCGCCGCA...
LOC130986702
ATGAACGCTTCCTCAAAATCTCTTCTGCCCCACTTCCCTTCTTCAACGCGGCTCGCTACGCACTCCCATTTCTACAAAGGTGTGAATTTTCTGCCGAGAAGGGTTATTCTGCAACTTAGCTGTAGCTGCGAGCGCCAGCTGAAAAGGGAGAGCGGAAACGACGCCGTTGCGAGCGAGATGATGTCGGCAGCTGGTTTGCAGCGGCGATCAGCTCTGATTGCAGCTGTGGCTTGTATGCTGGTGATCGGAAATGCGCCGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766158.1
MNASSKSLLPHFPSSTRLATHSHFYKGVNFLPRRVILQLSCSCERQLKRESGNDAVASEMMSAAGLQRRSALIAAVACMLVIGNAPQKTLASNSPSAFVESVIYSNKIAIFSKSYCPYSLRAKRVFTELEEQPYVVELDLRDDGYKIQDVLLELVGRRTVPQVFVNGKHIGGSDGRSWFVSLRLYIYLNSNIYFNLKESHAI
XP_057766159.1
MNASSKSLLPHFPSSTRLATHSHFYKGVNFLPRRVILQLSCSCERQLKRESGNDAVASEMMSAAGLQRRSALIAAVACMLVIGNAPQKTLASNSPSAFVESVIYSNKIAIFSKSYCPYSLRAKRVFTELEEQPYVVELDLRDDGYKIQDVLLELVGRRTVPQVFVNGKHIGGSDDLQASVESGQLQNLLSKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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