Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002073`

染色体: Chr05 坐标: 21624572-21626842 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002073`
名称	SmilChr05G002073
描述	protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21624572 - 21626842 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986703`
GeneID	`130986703`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986703`
原始查询	`SmilChr05G002073`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1
产物	protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1
Arabidopsis	`AT5G66350` (SHI) Lateral root primordium (LRP) protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836767] identity=52.4; qcov=1.07; evalue=1.6e-95; confidence=high
Rice	`Os09g0531600` (SHI1) - identity=47.8; qcov=0.693; evalue=3.85e-54; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF05142 (DUF702)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986703

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766160.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766160.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766160.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766160.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766160.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21625279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr5:21625365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B85,B91,C33,C37,C83
`Chr5:21625368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B85,B91,C33,C37,C83
`Chr5:21625386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C40
`Chr5:21625712`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B51
`Chr5:21625712`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B51
`Chr5:21625723`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C47
`Chr5:21625723`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C47
`Chr5:21625734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr5:21625773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B102,B68
`Chr5:21626168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B52,B57,B66,C29
`Chr5:21626253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766160.1

335 aa

168

335

DUF702

PF05142 DUF702 108-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766160.1`	Pfam	`PF05142`	DUF702	Family	108	259	7.7e-67	225.2	Domain of unknown function (DUF702)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910177.1
ATTAAAATTGTTGAGAAATAAAAGACATAAAGCAGCGTGTTTTCCGGTGCAAAGGACAAAGTTGGCCGGCGCACACGTGGCAGCATAGGAGCCGGTAGATCCTCATGCAAATGGGTTAGATGAGTCCGAGTAGAGGTTGATGAGCAAAAGCTGATGATAATAGTGAAACAAAGGAGAAGATGGTGATCGAATAGGTAGAGAGAGAAATAAGCGCAGCAGCTGCTTTTAGGGAGGCCATGGCGGCGTGGCAGAGCTGTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986703
ATGGCCGGCTTCTTCTCACTAGGCGGCGGCAGGGGCGGCGCCAACCCCGATCAAGAGGGCGCCAACCCTGACATCAACCCGGAGAGCTGGTTCCTCTACAGAAATGAGGAGATTCCATCTTACAGAGGCTTCGAGCTGTGGCAGCCGCAGCCGCCGCCGCAGCAGCAGGCGGAGAACTTCCTGCAGCGGCCCCTGCAGGATCTGTACGCGTCGGCGGGGGGGCTGGCCGTGGGGCCGAGCCGCGGCGGGGGGTTCAGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766160.1
MAGFFSLGGGRGGANPDQEGANPDINPESWFLYRNEEIPSYRGFELWQPQPPPQQQAENFLQRPLQDLYASAGGLAVGPSRGGGFSITEESPRSGFLMMRSGGGGGGGISCQDCGNQAKKDCSHMRCRTCCKSRGFQCQTHVKSTWVPAAKRREKQQQLAALQQRQESGSGRERDRERESGKRQRENPSSSNSLVCTRIPTSTTGLELGNFPSEVSAEAVFRCVRVSAIDDAEDQYAYQTAVNISGHVFKGILYDQGTET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器