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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002086`

染色体: Chr05 坐标: 21838022-21841193 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002086`
名称	SmilChr05G002086
描述	CDK5RAP1-like protein
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21838022 - 21841193 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986715`
GeneID	`130986715`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986715`
原始查询	`SmilChr05G002086`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CDK5RAP1-like protein
产物	CDK5RAP1-like protein
Arabidopsis	`AT4G36390` (AT4G36390) Methylthiotransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829791] identity=76.2; qcov=0.854; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0592800` - identity=77.3; qcov=0.803; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005829 (cytosol); GO:0006400 (tRNA modification); GO:0035597 (tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine(37) synthase activity); GO:0045736 (negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding)
KEGG	-
Pfam	PF00919 (UPF0004); PF01938 (TRAM); PF04055 (Radical_SAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766178.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057766178.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766178.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766178.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766178.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21840126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,D1
`Chr5:21840161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr5:21840781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr5:21840809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:21840893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:21840918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:21840937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:21841132`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A16,A6,B103,B117,B120,B26,B5,B56,B60,B74,B96,C18,C37,D5
`Chr5:21841176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B12
`Chr5:21841176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766178.1

659 aa

330

659

UPF0004

Radical_SAM

TRAM

PF00919 UPF0004 151-263 aa PF04055 Radical_SAM 311-506 aa PF01938 TRAM 562-636 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766178.1`	Pfam	`PF00919`	UPF0004	Family	151	263	3e-25	88.8	Uncharacterized protein family UPF0004
`XP_057766178.1`	Pfam	`PF04055`	Radical_SAM	Domain	311	506	1.6e-26	94.2	Radical SAM superfamily
`XP_057766178.1`	Pfam	`PF01938`	TRAM	Domain	562	636	3.6e-09	37.1	TRAM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910195.1
TGGCAAAATCATGTTTTGGCCCAATCACAATCTCTCCAAACCAACAACCCCTATCCTATTCTGTATTCTCACAGCTCTCGCGCACTCTCTCATGGCGTGTTCCACTCTACATTCTCTCTCTTCCGTTCTGAATCAACACCACTGCATCAACCTCCCTAAACAATGCTCAATTCTCACCCTCAGATTCTTCTCTATGAATCCATGTCGTTTTCCGTCAATCTTCGATGCTCGAATCTTCGGCCGCCGCCGTGCATCTGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986715
ATGTTTTGGCCCAATCACAATCTCTCCAAACCAACAACCCCTATCCTATTCTGTATTCTCACAGCTCTCGCGCACTCTCTCATGGCGTGTTCCACTCTACATTCTCTCTCTTCCGTTCTGAATCAACACCACTGCATCAACCTCCCTAAACAATGCTCAATTCTCACCCTCAGATTCTTCTCTATGAATCCATGTCGTTTTCCGTCAATCTTCGATGCTCGAATCTTCGGCCGCCGCCGTGCATCTGGCCGGAGCTCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766178.1
MFWPNHNLSKPTTPILFCILTALAHSLMACSTLHSLSSVLNQHHCINLPKQCSILTLRFFSMNPCRFPSIFDARIFGRRRASGRSSASALSRSISRSFSQYQSPVSGGGRFSEIPSLHQFMPKATATVTDSGVSDPQLDSNTESDVLPKGRIYHETYGCQMNVNDMEIVLSIMKKAGYSDVVEVPESAEIIFINTCAIRDNAEQKVWQRLNYFWFLKRQWKSNVATGRSQSLHPPKVVVLGCMAERLKDKILDSDKMVDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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