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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002087

染色体: Chr05 坐标: 21860499-21869548 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002087
名称SmilChr05G002087
描述D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21860499 - 21869548 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986716
GeneID130986716
locus_tag-
NCBI NameLOC130986716
原始查询SmilChr05G002087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial
产物D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G36400 (D2HGDH)
FAD-linked oxidases family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829792]
identity=76.9; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0187200 (D2HGDH)
-
identity=73.6; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003824 (catalytic activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG-
PfamPF01565 (FAD_binding_4); PF02913 (FAD-oxidase_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986716

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766179.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057766183.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057766181.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057766183.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057766185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21860848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:21861576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr5:21861579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:21861654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr5:21861754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr5:21861843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr5:21862715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B91,C37
Chr5:21863464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:21864222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:21864230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B85,B91,C37
Chr5:21866098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:21866104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766179.1
583 aa
N
1
292
583
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 150-285 aa PF02913 FAD-oxidase_C 326-566 aa
XP_057766180.1
551 aa
N
1
276
551
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 150-274 aa PF02913 FAD-oxidase_C 294-534 aa
XP_057766181.1
541 aa
N
1
270
541
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 108-243 aa PF02913 FAD-oxidase_C 284-524 aa
XP_057766182.1
509 aa
N
1
254
509
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 108-232 aa PF02913 FAD-oxidase_C 252-492 aa
XP_057766183.1
443 aa
N
1
222
443
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 10-145 aa PF02913 FAD-oxidase_C 186-426 aa
XP_057766185.1
439 aa
N
1
220
439
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 23-141 aa PF02913 FAD-oxidase_C 182-422 aa
XP_057766186.1
438 aa
N
1
219
438
FAD_binding_4
FAD-oxidase_C
C
PF01565 FAD_binding_4 11-140 aa PF02913 FAD-oxidase_C 181-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766179.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 150 285 2.1e-33 115.7 FAD binding domain
XP_057766179.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 326 566 7.3e-59 200.2 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766180.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 150 274 2.2e-27 96.2 FAD binding domain
XP_057766180.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 294 534 6.4e-59 200.4 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766181.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 108 243 1.8e-33 115.9 FAD binding domain
XP_057766181.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 284 524 6.2e-59 200.4 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766182.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 108 232 1.9e-27 96.4 FAD binding domain
XP_057766182.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 252 492 5.3e-59 200.6 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766183.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 10 145 1.3e-33 116.4 FAD binding domain
XP_057766183.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 186 426 4.1e-59 201.0 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766185.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 23 141 3.5e-27 95.5 FAD binding domain
XP_057766185.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 182 422 4e-59 201.0 FAD linked oxidases, C-terminal domain
XP_057766186.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 11 140 5.4e-31 107.9 FAD binding domain
XP_057766186.1 Pfam PF02913 FAD-oxidase_C Domain 181 421 4e-59 201.0 FAD linked oxidases, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910196.1
AAACGCATTGCATAATTGGAGTAGTATTTTTTCAATTACTCAATGATTCTTCTTGCGTAGGTCAATTGAATTGGTATAGCTGAAACAAGCTTATCTAAACACCTCGCTATACTCTCATCATTTCTGTAATAATCAAACAGAACTTTACTCGTTCAGACACATTGCGTAATCCGTGGGATTCCTACTCATAATCGATCATCATTATCGCATTTCATATCGCGACGGCGCAATTTTGATGAATCAATGAAGTATTTGACAGC...
XM_057910198.1
GGAGTAGTATTTTTTCAATTACTCAATGATTCTTCTTGCGTAGGTCAATTGAATTGGTATAGCTGAAACAAGCTTATCTAAACACCTCGCTATACTCTCATCATTTCTGTAATAATCAAACAGAACTTTACTCGTTCAGACACATTGCGTAATCCGTGGGATTCCTACTCATAATCGATCATCATTATCGCATTTCATATCGCGACGGCGCAATTTTGATGAATCAATGAAGTATTTGACAGCAGCGACTCGTCTACTCA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130986716
ATGAAGTATTTGACAGCAGCGACTCGTCTACTCAGACATTCATCCAGAAACCTCTTCGATCGTCGCTTCAACCTTAAGGCTTTCGGTTCAATCCGCCCTTCGAGCTCAGGTCGTAATTACACATCTCTTCGGATTTATGAGCAGTTCATGCAAGATGATTACTTTCACAGAAAAATTATGTCGAAAAATTTTTGCTTTTTAAGAGGTTCTGGTGTTGGTATTCTACATTGCTTAGGTAAATTTCAGAACAATGGCATCGG...
LOC130986716
ATGAAGTATTTGACAGCAGCGACTCGTCTACTCAGACATTCATCCAGAAACCTCTTCGATCGTCGCTTCAACCTTAAGGCTTTCGGTTCAATCCGCCCTTCGAGCTCAGGTCGTAATTACACATCTCTTCGGATTTATGAGCAGTTCATGCAAGATGATTACTTTCACAGAAAAATTATGTCGAAAAATTTTTGCTTTTTAAGAGGTTCTGGTGTTGGTATTCTACATTGCTTAGGTAAATTTCAGAACAATGGCATCGG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057766179.1
MKYLTAATRLLRHSSRNLFDRRFNLKAFGSIRPSSSGRNYTSLRIYEQFMQDDYFHRKIMSKNFCFLRGSGVGILHCLGKFQNNGIGTHHRNLASTALIPERNKSFATINSDDISYFKKVLGGRGVVQDEEKLDDANTDWMRKYKGSSKLMLQPRSTQEVSQILDYCNSRCLAVVPQGGNTGLVGGSIPVHDEVIINIGSMNNILSFDKVSGILVCEAGCILENLISFLDNEGYIMPLDLGAKGSCQIGGNVSTNAGGLR...
XP_057766180.1
MKYLTAATRLLRHSSRNLFDRRFNLKAFGSIRPSSSGRNYTSLRIYEQFMQDDYFHRKIMSKNFCFLRGSGVGILHCLGKFQNNGIGTHHRNLASTALIPERNKSFATINSDDISYFKKVLGGRGVVQDEEKLDDANTDWMRKYKGSSKLMLQPRSTQEVSQILDYCNSRCLAVVPQGGNTGLVGGSIPVHDEVIINIGSMNNILSFDKVSGILVCEAGCILENLISFLDNEGYIMPLDLGAKGSCQIGGNVSTNAGGLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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