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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002092

染色体: Chr05 坐标: 21894655-21897049 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002092
名称SmilChr05G002092
描述uncharacterized SmilChr05G002092
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21894655 - 21897049 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986722
GeneID130986722
locus_tag-
NCBI NameLOC130986722
原始查询SmilChr05G002092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述thiamine-phosphate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835001]; symbol=AT5G49410; hit=AT5G49410; species=arabidopsis; confidence=high
产物thiamine-phosphate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835001]; symbol=AT5G49410; hit=AT5G49410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G49410 (AT5G49410)
thiamine-phosphate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835001]
identity=84.5; qcov=0.758; evalue=2.01e-58; confidence=high
RiceOs08g0360000
-
identity=71.4; qcov=0.875; evalue=4.28e-57; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057766196.1
2 Nucleolus 核仁 0.40000 XP_057766196.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057766196.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057766196.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21894878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A18,A7,B101,B94
Chr5:21894896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C7
Chr5:21894898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B45,B79,C82
Chr5:21894911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A7,B101,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910215.1
GTGTATAGAAAAGCATTGGGGTACCTCACCTCGGAGAAAACGGAAACGCCATAGGATCGCGTGGAGACATTTAATTTCGATAGCATTCGGACGAGCTTGGCGATTATGTACGAGGACTGATGAAGGCATTTTCGAATTATCTGAGAGAAGGGGATGAATGGGAGCTGCTCATCGCGAAACTTGGCGACTGTGGAGATTAAGCTGATCAAAGTGTTTGGCGTTGGAAAGGTTCATCATGTTTGCAACTGCAATCAGGTATA...
XM_057910214.1
CTGAGAGAAGGGGATGAATGGGAGCTGCTCATCGCGAAACTTGGCGACTGTGGAGATTAAGGTTGAAGATTTGATTATGGGCGCAGTTAGCTTCTTAGAGAGTGAAACCATTACATATCACTCAGATTCGCTGATCAAAGTGTTTGGCGTTGGAAAGGTTCATCATGTTTGCAACTGCAATCAGGTATATTGGTAAGAAACCAAAACCAAAAATGAAACAGATAGAACTGAAAACCCCTCCGGAGCAAACGCAGACGATC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986722
ATGTTTGCAACTGCAATCAGGTATATTGGTAAGAAACCAAAACCAAAAATGAAACAGATAGAACTGAAAACCCCTCCGGAGCAAACGCAGACGATCACGAGGGTTATCTTCGACGTCTTGAAGGAACACGGCCCTCTAACCATAGCAGACACATGGGAGCATGTTAAGGAAGTTGGGTTGAGAGGACTCTCGAGCAAAAGACACATGAAAATAGTTATGAGATGGATGAGAGAGAGGCAGAAGCTAAGGTTAATATGCAA...
LOC130986722
ATGTTTGCAACTGCAATCAGGTATATTGGTAAGAAACCAAAACCAAAAATGAAACAGATAGAACTGAAAACCCCTCCGGAGCAAACGCAGACGATCACGAGGGTTATCTTCGACGTCTTGAAGGAACACGGCCCTCTAACCATAGCAGACACATGGGAGCATGTTAAGGAAGTTGGGTTGAGAGGACTCTCGAGCAAAAGACACATGAAAATAGTTATGAGATGGATGAGAGAGAGGCAGAAGCTAAGGTTAATATGCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057766196.1
MFATAIRYIGKKPKPKMKQIELKTPPEQTQTITRVIFDVLKEHGPLTIADTWEHVKEVGLRGLSSKRHMKIVMRWMRERQKLRLICNHVGPHKQFLYTTWFTKPDVKPTQPETKPVRPGNNDASRPKS
XP_057766197.1
MFATAIRYIGKKPKPKMKQIELKTPPEQTQTITRVIFDVLKEHGPLTIADTWEHVKEVGLRGLSSKRHMKIVMRWMRERQKLRLICNHVGPHKQFLYTTWFTKPDVKPTQPETKPVRPGNNDASRPKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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