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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002093

染色体: Chr05 坐标: 21896709-21898902 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002093
名称SmilChr05G002093
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g44230
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21896709 - 21898902 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986720
GeneID130986720
locus_tag-
NCBI NameLOC130986720
原始查询SmilChr05G002093

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g44230
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g44230
ArabidopsisAT5G44230 (AT5G44230)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834446]
identity=54.2; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0694300
-
identity=52.8; qcov=0.861; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986720

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766192.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057766192.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766192.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766192.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21897002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B91,C37
Chr5:21897414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B74,B77
Chr5:21897482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D11
Chr5:21897498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:21897911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B91,C37
Chr5:21898089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:21898176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B91,C37
Chr5:21898671 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 5 A20,B128,B133,C15,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766192.1
654 aa
N
1
327
654
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 112-140 aa PF01535 PPR 183-211 aa PF01535 PPR 213-240 aa PF13041 PPR_2 242-289 aa PF01535 PPR 244-274 aa PF01535 PPR 319-346 aa PF13041 PPR_2 344-392 aa PF13812 PPR_3 345-391 aa PF01535 PPR 347-377 aa PF13812 PPR_3 368-428 aa PF01535 PPR 382-409 aa PF01535 PPR 419-444 aa PF20431 E_motif 462-526 aa PF01535 PPR 491-514 aa PF20430 Eplus_motif 532-558 aa PF14432 DYW_deaminase 563-654 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 140 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 183 211 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 240 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 242 289 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 274 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 319 346 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 344 392 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057766192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 345 391 2.6e-18 66.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 377 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 368 428 2.6e-18 66.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 382 409 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 444 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 462 526 7e-16 59.0 E motif
XP_057766192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 491 514 1.9e-53 175.8 PPR repeat
XP_057766192.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 532 558 9.1e-06 26.0 E+ motif
XP_057766192.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 563 654 1.9e-38 130.9 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910209.1
ATGGTTTCACTCTCTAAGAAGCTAACTGCGCCCATAATCAAATCTTCAACCTTAATCTCCACAGTCGCCAAGTTTCGCGATGAGCAGCTCCCATTCATCCCCTTCTCTCAGCTGCAAAAAATTAAACAACTTGAGTCCCAAGTCGTTTCCACTCTCGAAGATTGCAGAAGCCCCTCCCAGATCAAGCAAACCCACGCTTACATAATTCGAAAATGCCTTCATCAGTCCTCGTACATAATCGCCAAGCTCGTCCGAATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986720
ATGGTTTCACTCTCTAAGAAGCTAACTGCGCCCATAATCAAATCTTCAACCTTAATCTCCACAGTCGCCAAGTTTCGCGATGAGCAGCTCCCATTCATCCCCTTCTCTCAGCTGCAAAAAATTAAACAACTTGAGTCCCAAGTCGTTTCCACTCTCGAAGATTGCAGAAGCCCCTCCCAGATCAAGCAAACCCACGCTTACATAATTCGAAAATGCCTTCATCAGTCCTCGTACATAATCGCCAAGCTCGTCCGAATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766192.1
MVSLSKKLTAPIIKSSTLISTVAKFRDEQLPFIPFSQLQKIKQLESQVVSTLEDCRSPSQIKQTHAYIIRKCLHQSSYIIAKLVRMLSKLNVSTRSYGVSVFSEVRYPNAFLYTALIRGYLVDGMLNESVLVYNSMRGGGLIPLSFTFAALLKGAATESNADLGRQLHGESVKLGGFGADLFVVNALMDMYLKCGLLDCGRKLFDEMPERDLISWTSLIDAYSKAGEMDCAAELFRIMPVKDMVAWTAMVTGFVQNAKPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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