Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002099`

染色体: Chr05 坐标: 21957445-21963674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002099`
名称	SmilChr05G002099
描述	selenium-binding protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21957445 - 21963674 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986727`
GeneID	`130986727`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986727`
原始查询	`SmilChr05G002099`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	selenium-binding protein 2-like
产物	selenium-binding protein 2-like
Arabidopsis	`AT4G14040` (SBP2) selenium-binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827040] identity=67.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0916400` (Os) - identity=71.3; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008430 (selenium binding)
KEGG	smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05694 (SBP56)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766205.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766205.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766205.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766205.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766205.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21957756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:21957759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,D10
`Chr5:21957762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:21957786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B13,B133,B75,C15
`Chr5:21957883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:21958186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C42
`Chr5:21958360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:21958537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:21958569`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B41,C9
`Chr5:21958872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B87,C22,D10,D11,D9
`Chr5:21959011`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	C24,D6
`Chr5:21959011`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	C24,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766205.1

469 aa

234

469

SBP56

PF05694 SBP56 7-469 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766205.1`	Pfam	`PF05694`	SBP56	Repeat	7	469	3.5e-208	692.7	56kDa selenium binding protein (SBP56)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910222.1
CACCTATAAATAAAACCTAGTACTAGTTTAAAACAAAAACCATTGCAAGAAACCAACAATATTCCAAAATTTTAAAATAAAACATGGCTAAAAATGGATGCTGCAAGAAGGGAGCTGGATACGCTAGTCCCATGGAAGCCATGTCCGGTCCCAAAGAAACTCTTCTTTACGTTACTTGTATTTACACTGGAAGGGAGAAGCCTGATTACCTTGCGACGGTGGACGTGGATCCAGTTTCGGCGACTTATTGTGAAGTGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986727
ATGGCTAAAAATGGATGCTGCAAGAAGGGAGCTGGATACGCTAGTCCCATGGAAGCCATGTCCGGTCCCAAAGAAACTCTTCTTTACGTTACTTGTATTTACACTGGAAGGGAGAAGCCTGATTACCTTGCGACGGTGGACGTGGATCCAGTTTCGGCGACTTATTGTGAAGTGATACACAGACTGGCGATGCCTTACGTTGGTGATGAACTTCATCATTCTGGATGGAACGCCTGCAGTTCTTGCCATCAAGCCACGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766205.1
MAKNGCCKKGAGYASPMEAMSGPKETLLYVTCIYTGREKPDYLATVDVDPVSATYCEVIHRLAMPYVGDELHHSGWNACSSCHQATRRFLILPSLLSSRLYVVETLKDPRAPSLHKIVEPHTILHKTGLAYLHTSHCLPSGDIMVSCLGDEHGNAQGSGFFLLDSHFNVKGRWEKDGHSPLFGHDFWYQPRHNTMISSSFGAPAAFTKGFHLHHVSQGLYGKHLHVYDWPNAHLKQILDLGDTGLIPIQLKFLHDPAKDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器