当前解析结果
SmilChr05G002100| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002100 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002100 |
| 描述 | selenium-binding protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 21966500 - 21970958 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986728 |
|---|---|
| GeneID | 130986728 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986728 |
| 原始查询 | SmilChr05G002100 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | selenium-binding protein 2-like |
| 产物 | selenium-binding protein 2-like |
| Arabidopsis | AT4G14040 (SBP2)selenium-binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827040] identity=69.2; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0916400 (Os)- identity=72.2; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008430 (selenium binding) |
| KEGG | smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF05694 (SBP56) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986728 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057766206.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057766206.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766206.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766206.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766206.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:21966819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B78,C23,C86 |
Chr5:21969209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr5:21969215 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D6 |
Chr5:21969215 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr5:21969216 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr5:21969229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B133,B44,C15 |
Chr5:21969361 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C30 |
Chr5:21969361 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr5:21969482 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B133,B44,C15 |
Chr5:21970842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766206.1PF05694
SBP56 13-479 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766206.1 |
Pfam | PF05694 |
SBP56 | Repeat | 13 | 479 | 4.3e-207 | 689.0 | 56kDa selenium binding protein (SBP56) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。