当前解析结果
SmilChr05G002102| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002102 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002102 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G002102 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 22024366 - 22029143 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986730 |
|---|---|
| GeneID | 130986730 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986730 |
| 原始查询 | SmilChr05G002102 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692]; symbol=AT1G52600; hit=AT1G52600; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692]; symbol=AT1G52600; hit=AT1G52600; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G52600 (AT1G52600)Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692] identity=89.4; qcov=1; evalue=8.35e-120; confidence=high |
| Rice | Os06g0273800 (OsSigP5)- identity=86.7; qcov=1; evalue=1.22e-115; confidence=high |
| GO | GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0005787 (signal peptidase complex); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00717 (Peptidase_S24); PF31032 (SPase_CTS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986730 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057766209.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057766209.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057766210.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766209.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766209.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:22026019 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B19,B50,C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766209.1PF00717
Peptidase_S24 37-102 aa
XP_057766210.1PF00717
Peptidase_S24 37-102 aa
PF31032
SPase_CTS 152-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766209.1 |
Pfam | PF00717 |
Peptidase_S24 | Domain | 37 | 102 | 3.2e-09 | 37.2 | Peptidase S24-like |
XP_057766210.1 |
Pfam | PF00717 |
Peptidase_S24 | Domain | 37 | 102 | 3.2e-09 | 37.2 | Peptidase S24-like |
XP_057766210.1 |
Pfam | PF31032 |
SPase_CTS | Domain | 152 | 177 | 6.5e-10 | 39.0 | Signal peptidase C-terminal short helix |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。