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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002104

染色体: Chr05 坐标: 22048219-22050933 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002104
名称SmilChr05G002104
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22048219 - 22050933 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025653
GeneID131025653
locus_tag-
NCBI NameLOC131025653
原始查询SmilChr05G002104

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=43.3; qcov=0.98; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0490200
-
identity=42.4; qcov=0.99; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811434.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811434.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811434.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811434.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22048291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B133,C15
Chr5:22048334 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B83,C10,C52,C8
Chr5:22048334 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 B83,C10,C52,C8
Chr5:22048341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A6,B82,C78
Chr5:22048367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,D11
Chr5:22048410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:22048449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C50,D5
Chr5:22048467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr5:22048515 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 42 A16,A22,A4,A6,B103,B117,B120,B129,B16,B26,B27,B30,B36,B45,B5,B53,B56,B59,B60,B66,B72,B74,B76,B79,B85,B86,B90,B92,B96,B97,C18,C21,C33,C37,C55,C63,C70,C78,C82,C83,C84,D5
Chr5:22048523 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 A18,B110,B19,B50,C43
Chr5:22048523 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 A18,B110,B19,B50,C43
Chr5:22048526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811434.1
904 aa
N
1
452
904
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 23-61 aa PF00560 LRR_1 113-135 aa PF00560 LRR_1 137-159 aa PF00560 LRR_1 161-183 aa PF00560 LRR_1 258-279 aa PF00560 LRR_1 381-402 aa PF00560 LRR_1 428-450 aa PF13855 LRR_8 428-478 aa PF00560 LRR_1 453-474 aa PF00560 LRR_1 501-523 aa PF00560 LRR_1 550-569 aa PF00560 LRR_1 572-588 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 696-852 aa PF00069 Pkinase 696-875 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811434.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 23 61 4.7e-11 43.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 113 135 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 137 159 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 161 183 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 258 279 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 381 402 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 428 450 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 428 478 3.4e-31 107.5 Leucine rich repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 453 474 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 523 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 550 569 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 572 588 5.9e-48 151.2 Leucine Rich Repeat
XP_057811434.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 696 852 1e-27 97.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057811434.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 696 875 1.3e-27 97.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955451.1
ATGCCAATTCTAATCAATATTTTCTATTCCATCATCTTCCTGCAACAATCAACATGCTTCAACAGCCAAACCGATTTACATTCTCTACTAGCAATCAAATCCGCAATTACTAATGACCCCCTCGGAGCTCTCGATTCTTGGAATGAAACGACGTCATTCTGTGGTTGGAACGGCATCCGGTGCGGCTTGGACAGAGTCGTTGGAATAAATTTGATGTCTCAAGGCTTGGTCGGATCTCTCTCTCCTCACGTAGGTAACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025653
ATGCCAATTCTAATCAATATTTTCTATTCCATCATCTTCCTGCAACAATCAACATGCTTCAACAGCCAAACCGATTTACATTCTCTACTAGCAATCAAATCCGCAATTACTAATGACCCCCTCGGAGCTCTCGATTCTTGGAATGAAACGACGTCATTCTGTGGTTGGAACGGCATCCGGTGCGGCTTGGACAGAGTCGTTGGAATAAATTTGATGTCTCAAGGCTTGGTCGGATCTCTCTCTCCTCACGTAGGTAACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811434.1
MPILINIFYSIIFLQQSTCFNSQTDLHSLLAIKSAITNDPLGALDSWNETTSFCGWNGIRCGLDRVVGINLMSQGLVGSLSPHVGNLSFLTTLHLQNNTFHGPIPHQIGLLTRLQSLILENNSFVGPIPKTISQCWNLLHLSLSDNELSDNIPSELGSLSKLEVLVLARNNLHGPIPPSIGNLTSLEEISLLTCGLTGEIPASFSQLQSLIFVQLSDNYLTGTIPSSLFNISTIKYFYAAGNELSGILPSNLGITLPNLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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