当前解析结果
SmilChr05G002117| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002117 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002117 |
| 描述 | glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 22248739 - 22251076 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986741 |
|---|---|
| GeneID | 130986741 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986741 |
| 原始查询 | SmilChr05G002117 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial |
| 产物 | glycine-rich RNA-binding protein 4%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT3G23830 (GRP4)glycine-rich RNA-binding protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821966] identity=63.4; qcov=0.872; evalue=2e-46; confidence=medium |
| Rice | Os01g0916600 (OsGRP1)- identity=61.9; qcov=0.837; evalue=5.05e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0003723 (RNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00076 (RRM_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986741 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057766228.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766228.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766228.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766228.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766228.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:22249026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,A22,B75,C74 |
Chr5:22249380 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,A22,B75,C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766228.1PF00076
RRM_1 38-108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766228.1 |
Pfam | PF00076 |
RRM_1 | Domain | 38 | 108 | 7.6e-22 | 77.7 | RNA recognition motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。