当前解析结果
SmilChr05G002118| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002118 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002118 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G002118 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 22252551 - 22253630 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025660 |
|---|---|
| GeneID | 131025660 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025660 |
| 原始查询 | SmilChr05G002118 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=44.3; qcov=0.23; evalue=5.91e-17; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025660 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811438.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057811438.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057811438.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811438.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811438.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:22252559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B139,C15,C20 |
Chr5:22252566 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 101 | A10,A14,A16,A18,A19,A2,A4,A6,A7,A8,B10,B100,B105,B109,B11,B111,B118,B120,B124,B125,B13,B132,B135,B137,B139,B14,B140,B16,B18,B21,B23,B25,B29,B30,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B51,B53,B57,B59,B62,B63,B64,B7,B70,B71,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B84,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B97,B99,C11,C12,C16,C19,C20,C22,C23,C25,C29,C34,C35,C36,C46,C56,C57,C59,C60,C62,C69,C72,C74,C75,C76,C78,C81,C87,C9,D10,D4,D5,D9 |
Chr5:22252606 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr5:22252615 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,B91 |
Chr5:22252636 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr5:22252637 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B71,C27,C58 |
Chr5:22252641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C47,C53 |
Chr5:22252644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,C27,C58 |
Chr5:22252650 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A21,C35 |
Chr5:22252650 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | A21,C35 |
Chr5:22252660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr5:22252662 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C32 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。