当前解析结果
SmilChr05G002123| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002123 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002123 |
| 描述 | protein ECERIFERUM 26-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 22305879 - 22311853 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986745 |
|---|---|
| GeneID | 130986745 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986745 |
| 原始查询 | SmilChr05G002123 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ECERIFERUM 26-like |
| 产物 | protein ECERIFERUM 26-like |
| Arabidopsis | AT4G13840 (AT4G13840)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827018] identity=41.4; qcov=0.981; evalue=1.59e-104; confidence=medium |
| Rice | Os04g0611200 (OsCER2)- identity=38.8; qcov=1; evalue=1.09e-86; confidence=medium |
| GO | GO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986745 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057766235.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057766235.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766235.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766235.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766235.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:22306093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr5:22306217 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,A3,B22 |
Chr5:22306276 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:22306312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,C35,C38,D10 |
Chr5:22306474 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr5:22310972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:22311033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B110,C50 |
Chr5:22311060 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,C44,C71 |
Chr5:22311177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr5:22311194 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766235.1PF02458
Transferase 28-424 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766235.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 28 | 424 | 6.5e-41 | 141.1 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。