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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002132

染色体: Chr05 坐标: 22415638-22421688 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002132
名称SmilChr05G002132
描述probable magnesium transporter NIPA2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22415638 - 22421688 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986753
GeneID130986753
locus_tag-
NCBI NameLOC130986753
原始查询SmilChr05G002132

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable magnesium transporter NIPA2
产物probable magnesium transporter NIPA2
ArabidopsisAT4G13800 (AT4G13800)
magnesium transporter NIPA (DUF803) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827014]
identity=71.2; qcov=0.956; evalue=4.33e-145; confidence=high
RiceOs04g0373000
-
identity=70.9; qcov=0.901; evalue=8.77e-135; confidence=high
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA); PF05653 (Mg_trans_NIPA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057766241.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057766245.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057766241.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766241.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766241.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22416978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B78,C23
Chr5:22417982 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 125 A1,A10,A13,A14,A19,A2,A23,A24,A3,A4,A7,A8,B1,B10,B100,B106,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B12,B124,B125,B127,B13,B130,B132,B135,B137,B139,B14,B18,B19,B2,B21,B27,B29,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B41,B45,B46,B48,B49,B51,B53,B54,B55,B57,B58,B60,B62,B63,B64,B67,B7,B71,B73,B74,B76,B77,B8,B80,B84,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B97,B99,C11,C12,C16,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C31,C34,C35,C4,C41,C44,C45,C46,C47,C49,C51,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C69,C72,C73,C75,C76,C81,C83,C85,C87,D10,D2,D4,D6
Chr5:22420328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:22420842 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B75,C74
Chr5:22420842 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B75,C74
Chr5:22420862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A21,A6,B82,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766241.1
323 aa
N
1
162
323
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 6-298 aa
XP_057766242.1
323 aa
N
1
162
323
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 6-298 aa
XP_057766243.1
323 aa
N
1
162
323
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 6-298 aa
XP_057766244.1
323 aa
N
1
162
323
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 6-298 aa
XP_057766245.1
294 aa
N
1
147
294
Mg_trans_NIPA
EamA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 12-269 aa PF00892 EamA 29-94 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766241.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 6 298 3.5e-133 444.0 Magnesium transporter NIPA
XP_057766242.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 6 298 3.5e-133 444.0 Magnesium transporter NIPA
XP_057766243.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 6 298 3.5e-133 444.0 Magnesium transporter NIPA
XP_057766244.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 6 298 3.5e-133 444.0 Magnesium transporter NIPA
XP_057766245.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 12 269 3.4e-116 388.2 Magnesium transporter NIPA
XP_057766245.1 Pfam PF00892 EamA Domain 29 94 4.7e-07 30.9 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910260.1
GAATATGGGTGAGAGAGTAGCTCGAGCGTATGGACCAAATGCAGTATTTGATTCGATCCGGTCCAAGTCCGAGGCTTGGCCGAAAATGAGCGCTCTACCCCTTAGGTGAGTGAAGAAGCGAAGTGTGAAGCATTCAAGTAATAGCGTGGGATTCGGAAACCATAGTTGTGAAACGTAACGGCCATACTTGTCAGCCCCCGACTTCTCTCTCGACTCTCCTCTCTCTCAACCAGTTTCAACATTCTTTCTTCCGGAGGGGA...
XM_057910261.1
GAATATGGGTGAGAGAGTAGCTCGAGCGTATGGACCAAATGCAGTATTTGATTCGATCCGGTCCAAGTCCGAGGCTTGGCCGAAAATGAGCGCTCTACCCCTTAGGTGAGTGAAGAAGCGAAGTGTGAAGCATTCAAGTAATAGCGTGGGATTCGGAAACCATAGTTGTGAAACGTAACGGCCATACTTGTCAGCCCCCGACTTCTCTCTCGACTCTCCTCTCTCTCAACCAGTTTCAACATTCTTTCTTCCGGAGGGGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130986753
ATGGTGGGAGTTTCAGATAATGTTCGCGGATTTCTTTTGGCAATCTCTTCTAGCATTTTTATTGGTTCTAGTTTCATCATAAAGAAAAAAGGCCTAAAGAAGGCTGGGGCATCTGGAACCAGAGCAGGTGATGGAGGCTACTCGTATCTGGCGGAACCTATGTGGTGGGCTGGGATGATTGCAATGGTCTTTGGGGAGGCTTTAAATTTTGCTGCCTATGCATATGCTCCAGCTGTTCTTGTAACTCCATTGGGGGCTTT...
LOC130986753
ATGGTGGGAGTTTCAGATAATGTTCGCGGATTTCTTTTGGCAATCTCTTCTAGCATTTTTATTGGTTCTAGTTTCATCATAAAGAAAAAAGGCCTAAAGAAGGCTGGGGCATCTGGAACCAGAGCAGGTGATGGAGGCTACTCGTATCTGGCGGAACCTATGTGGTGGGCTGGGATGATTGCAATGGTCTTTGGGGAGGCTTTAAATTTTGCTGCCTATGCATATGCTCCAGCTGTTCTTGTAACTCCATTGGGGGCTTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057766241.1
MVGVSDNVRGFLLAISSSIFIGSSFIIKKKGLKKAGASGTRAGDGGYSYLAEPMWWAGMIAMVFGEALNFAAYAYAPAVLVTPLGALSIIFSSVMAHFILQERLHMFGIVGCILCLVGSVTIVLHAPFERDIESVKEVWHLATEPGFIAYTFIVLALVAILIFVYVPRYGQTHMVVNIGICSFMGSLTVMAVKAVAIALKLTFSGSNQFIYFQTWFFTILVIVFCIMQLIYLNKALDTFNTAVVSPVYYVMFTTLTIVAS...
XP_057766242.1
MVGVSDNVRGFLLAISSSIFIGSSFIIKKKGLKKAGASGTRAGDGGYSYLAEPMWWAGMIAMVFGEALNFAAYAYAPAVLVTPLGALSIIFSSVMAHFILQERLHMFGIVGCILCLVGSVTIVLHAPFERDIESVKEVWHLATEPGFIAYTFIVLALVAILIFVYVPRYGQTHMVVNIGICSFMGSLTVMAVKAVAIALKLTFSGSNQFIYFQTWFFTILVIVFCIMQLIYLNKALDTFNTAVVSPVYYVMFTTLTIVAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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