Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002154`

染色体: Chr05 坐标: 22748727-22752675 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002154`
名称	SmilChr05G002154
描述	uncharacterized SmilChr05G002154
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	22748727 - 22752675 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025669`
GeneID	`131025669`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025669`
原始查询	`SmilChr05G002154`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=35.3; qcov=0.176; evalue=1.52e-33; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=26.4; qcov=0.736; evalue=2.13e-78; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811447.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811447.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811447.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811447.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811447.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:22748733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B109,B115,B82,B99,C34,C77
`Chr5:22748734`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A2,B105,B127,B132,B44,B71,B87,B91,C17,C26,C33
`Chr5:22748740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr5:22748766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B44
`Chr5:22748768`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A1,A24,A25,B100,B110,B122,B131,B14,B23,B27,B45,B50,B51,B59,B61,B83,B89,C17,C29,C58,C60,C7,C70,C74,C85
`Chr5:22748770`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	25	A1,A24,A25,B100,B110,B122,B131,B14,B23,B27,B45,B50,B51,B59,B61,B83,B89,C17,C29,C58,C60,C7,C70,C74,C85
`Chr5:22748815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	B19,B67,B76,B94,C22,C33,C47,C5,C61,C72
`Chr5:22748826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A10,B101,B119,B122,B126,B14,B46,B66,B67,B69,B71,B72,B99,C28,C32,C68,C72,C74
`Chr5:22748855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B58,B80,C31,D7
`Chr5:22748865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C72
`Chr5:22748868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C72
`Chr5:22748877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811447.1

1144 aa

572

1144

RVT_1

RVT_3

PF00078 RVT_1 404-654 aa PF13456 RVT_3 1054-1132 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811447.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	404	654	9.9e-30	104.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811447.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1054	1132	5.4e-10	40.0	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955464.1
ATGAATATCATTGCCTGGAATGTCCGAGGCTTCACGGACGAGACCAAGCGACTCCTTAAGGAACATTGCAGTTCCTTCTCTCCTATTATCTTAGGTGTTATTGAACCTAAAAAAGATATTACAAAAGTTCGTTTCAGTTATTGGAACTCTCTGAACCTTTATCCGGTTCATCAAAATTGCCGGGTTTCTTGGTGTCCCAATATTTGGTTTTTGGTCCATCCGGATGTGGTGGCTTCGGTTGTGTTCTCTTCTTCGCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025669
ATGAATATCATTGCCTGGAATGTCCGAGGCTTCACGGACGAGACCAAGCGACTCCTTAAGGAACATTGCAGTTCCTTCTCTCCTATTATCTTAGGTGTTATTGAACCTAAAAAAGATATTACAAAAGTTCGTTTCAGTTATTGGAACTCTCTGAACCTTTATCCGGTTCATCAAAATTGCCGGGTTTCTTGGTGTCCCAATATTTGGTTTTTGGTCCATCCGGATGTGGTGGCTTCGGTTGTGTTCTCTTCTTCGCAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811447.1
MNIIAWNVRGFTDETKRLLKEHCSSFSPIILGVIEPKKDITKVRFSYWNSLNLYPVHQNCRVSWCPNIWFLVHPDVVASVVFSSSQVVIVDCSWHSLDFRVAVVHGSNDHIERRALWCDLLRFAEGCTVFIGDFNAVKGAHERRSNIAPPRASCLEFGSFIDDTHFIESPTEGLRFTWSGRRLLPRHMESMLDRALFSQDFADIWDSVVTSALPRLTSNHSPLNREVFGNVDSSIHRFHIQLLDIQKRISEVGYTDSLFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器