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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002156

染色体: Chr05 坐标: 22769830-22773301 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002156
名称SmilChr05G002156
描述uncharacterized SmilChr05G002156
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22769830 - 22773301 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986795
GeneID130986795
locus_tag-
NCBI NameLOC130986795
原始查询SmilChr05G002156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0761500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0761500; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0761500
-
identity=42.7; qcov=0.77; evalue=2.64e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057766318.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766319.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057766318.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766319.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22770172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr5:22770230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:22770343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B61,B8
Chr5:22770565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B133,C15
Chr5:22770566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:22771737 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 40 A1,A19,A2,A4,A8,B111,B135,B18,B28,B34,B35,B40,B59,B60,B64,B69,B7,B71,B88,B89,B9,B93,B97,B99,C13,C14,C19,C22,C24,C30,C46,C54,C60,C62,C67,C72,C76,C77,C87,D4
Chr5:22771927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:22772027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:22773154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:22773193 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C53
Chr5:22773193 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910335.1
ATATATATATACACACATTATATAAAATAATAATATATGTAAACATGAAACACACATATCGAAATCTAGTCCTTCAAGCTTCCGCTCTAGGACCTTCTCAAACTCAATGCCGCCTGAAATTCTGAAAGATAAAACCAATTTGTGGAGAAAGAGAGAGTGTTTATTAAATAGTAGTAGTTGATTTTGTGATGATATTTTCTGAAAAAGATCTGGAGCAATCGAGTTATAAGATGAGCTACAGAGAAGAAAAGCATCCATGG...
XM_057910336.1
GATTTTTTTGGATAAATTCATAGGAATCGAGAGGAATAATTAAAGTGATAAAGCATAGTGGTCCAATCAATGATGAAATGATGAGCTTCTGCAAGTGCAATGATATGAATTATCATCGTCAACTGATAATCAAAGCTTCAACTTCGCGGGGAGATCTGGAGCAATCGAGTTATAAGATGAGCTACAGAGAAGAAAAGCATCCATGGAGCACGTTTGACGGTGTTAAGATTATATCTGTTGTCCCCGAGGCTCTCATGGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986795
ATGTTTTATCGGTATCCTTGCATCAGGTGCAAATCTCTTTCTTCTGCTTTGAAAGATAGGTTTTCCAGATGCCCTCTCTTTCCGGGGAAGCTCTCCGTTTTGAGCTCCGAAGCAGAAGATGCAGCCGGCGATTTTGATGAAGAAGATGAAGTATTTGTTTCAGCAGTCATGAGCAAATACATGGAGTCCAAATGCAAGCGCAAGTCCGCCGTTGGGATAGATACCTTGAGATGGGCTCTCTCTCCACAACACTTGTTGCT...
LOC130986795
ATGATGAGCTTCTGCAAGTGCAATGATATGAATTATCATCGTCAACTGATAATCAAAGCTTCAACTTCGCGGGGAGATCTGGAGCAATCGAGTTATAAGATGAGCTACAGAGAAGAAAAGCATCCATGGAGCACGTTTGACGGTGTTAAGATTATATCTGTTGTCCCCGAGGCTCTCATGGCAGAGATTAACTCTGCCATTGCTTCTCTTGAGTATGCTCGTGCTGCAATCTTCTCACAATCTCCTGATCCTGCTCCAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766318.1
MFYRYPCIRCKSLSSALKDRFSRCPLFPGKLSVLSSEAEDAAGDFDEEDEVFVSAVMSKYMESKCKRKSAVGIDTLRWALSPQHLLLARKGRRKLGSSGESREGSSSGAGSRLSRCSSATSYDAFFSVKTHFSRSSSLNKIDFQDLSKQSIVIVELLRYQGWPFGLCKRALLLPPLPKSPSDSWSWRKSDRAATVHGR
XP_057766319.1
MMSFCKCNDMNYHRQLIIKASTSRGDLEQSSYKMSYREEKHPWSTFDGVKIISVVPEALMAEINSAIASLEYARAAIFSQSPDPAPKAKTPNKKPASSFDAQIADEAYKAGLASVSAGRVDEAIISLNIALSKCPPEKTSAVAKIQSLISVASQQRHKSSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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