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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002190

染色体: Chr05 坐标: 23383872-23389064 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002190
名称SmilChr05G002190
描述alkaline ceramidase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23383872 - 23389064 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986791
GeneID130986791
locus_tag-
NCBI NameLOC130986791
原始查询SmilChr05G002190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alkaline ceramidase-like
产物alkaline ceramidase-like
ArabidopsisAT4G22330 (ATCES1)
Alkaline phytoceramidase (aPHC) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828328]
identity=78; qcov=1; evalue=3.34e-153; confidence=high
RiceOs03g0698900
-
identity=73; qcov=1; evalue=2.74e-143; confidence=high
GOGO:0006672 (ceramide metabolic process); GO:0006914 (autophagy); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0016020 (membrane); GO:0016811 (hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGGsmil00600 (Sphingolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05875 (Ceramidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057766312.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057766312.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057766312.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766312.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766312.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23384203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766312.1
255 aa
N
1
128
255
Ceramidase
C
PF05875 Ceramidase 10-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766312.1 Pfam PF05875 Ceramidase Family 10 239 3.2e-63 214.3 Ceramidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910329.1
TCGAAACCTAATCCCACCGCTTCAGATTTAATTGAATTCGTAGGAATATTGGCGAGTATTAATTTGTCACCCGCCGTCCAAACATGAATTTCCGCGCGTGGGATGTAAAGTAATCATATGTTATCAAAATTAATTGAATACTATTTTGGAAACTCAAAAAACTTAAAAAATGTTCCCACATAATTAACACAACAAAACAAAATAAAAACAAAAAATACTACACATCTCTTTTCCGCAGGGAGAGAGAAGATCATCGAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986791
ATGGCAGATGCTTTTTCAAGTTTTTGGGGCCCTGTCACATCTACACATGAGTGGTGTGAGCCTAATTACGTCTATTCATCTTATATCGCAGAGTTCTTCAATACCATCTCTATTGCTCCAGGCATCCTTTTAGCACTCATTGGTCTTGTGAATTCATTAAGACAGCGTTTCGAGAATAGGTTCTGTGTACTTCACATATCAAATATGATACTTTCTATTGGCAGCATGCTATATCACGCTACATTACAGCGACTGCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766312.1
MADAFSSFWGPVTSTHEWCEPNYVYSSYIAEFFNTISIAPGILLALIGLVNSLRQRFENRFCVLHISNMILSIGSMLYHATLQRLQQQGDETPMVWEMLLYIYILYSPDWHYRSTMPTFLFLYGAVFAVAHSLVRFHIGFKVHYVLLCLLCVPRMYKYYILTEDRSAKRLAKLYVATLLVGSLCWLVDRLFCKDISRWYFNPQGHAMWHICMGFNSYFANAFLMYCRAQQRGWDPKVNYLLGVFPYVKIQKAKAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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