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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002191

染色体: Chr05 坐标: 23402986-23409109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002191
名称SmilChr05G002191
描述O-fucosyltransferase 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23402986 - 23409109 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986775
GeneID130986775
locus_tag-
NCBI NameLOC130986775
原始查询SmilChr05G002191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 1
产物O-fucosyltransferase 1
ArabidopsisAT1G04910 (AT1G04910)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839373]
identity=75; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0481200
-
identity=68.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network)
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057766277.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057766277.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766277.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766277.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766277.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23403836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B133,B69,C15
Chr5:23406049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C3,D5
Chr5:23406963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D8
Chr5:23408289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr5:23408510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B133,B69,B9,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766277.1
516 aa
N
1
258
516
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 88-408 aa
XP_057766278.1
516 aa
N
1
258
516
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 88-408 aa
XP_057766279.1
515 aa
N
1
258
515
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 87-407 aa
XP_057766280.1
515 aa
N
1
258
515
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 87-407 aa
XP_057766281.1
515 aa
N
1
258
515
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 87-407 aa
XP_057766282.1
514 aa
N
1
257
514
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 86-406 aa
XP_057766283.1
514 aa
N
1
257
514
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 86-406 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766277.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 88 408 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766278.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 88 408 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766279.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 87 407 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766280.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 87 407 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766281.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 87 407 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766282.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 86 406 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057766283.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 86 406 1.8e-93 314.6 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910299.1
ACTTGAACCAAAAATAGGTCCAAACCGAATAATTAGTCCGAAATAGAGAGAGGTGTCGATTAAGTCATCCACACCACCTAACCGACAATAGGGTCCGACCCCTTTTCAATCATCATTCATTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCTCACACACACGCACACAGTCATACGCTCTTCTCGTCCATAATCAGTGGCGCTGAGCAGAACAACTGAATTTTAAACCATCGCTACATAAACTCCCAAAATGAGAAGGCTGGGGC...
XM_057910300.1
AAAAATAGGTCCAAACCGAATAATTAGTCCGAAATAGAGAGAGGTGTCGATTAAGTCATCCACACCACCTAACCGACAATAGGGTCCGACCCCTTTTCAATCATCATTCATTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCTCACACACACGCACACAGTCATACGCTCTTCTCGTCCATAATCAGTGGCGCTGAGCAGAACAACTGAATTTTAAACCATCGCTACATAAACTCCCAAAATGAGAAGGCTGGGGCATCGACACC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130986775
ATGAGAAGCAGGCTGGGGCATCGACACCAATCAAAGCAATCCGGAGTTAAGGGCATGTTTGGCAGGCTATCGTTTGCTGTAATCGTTCTGGTGATCTGTACTGTTTCGCTATTGTCCACTGTAAAGAGCAACACGCGATCCATCTCTCGATCCCAGCAGATTGATGTCGATACGCTTTGGGATACAGCTGCTTCTGGTGGATGGAGGCCATCATCTGCTCCGAGATCTGATTGGCCCCCTCCCCCAGCAGAAACTAATGG...
LOC130986775
ATGAGAAGCAGGCTGGGGCATCGACACCAATCAAAGCAATCCGGAGTTAAGGGCATGTTTGGCAGGCTATCGTTTGCTGTAATCGTTCTGGTGATCTGTACTGTTTCGCTATTGTCCACTGTAAAGAGCAACACGCGATCCATCTCTCGATCCCAGCAGATTGATGTCGATACGCTTTGGGATACAGCTGCTTCTGGTGGATGGAGGCCATCATCTGCTCCGAGATCTGATTGGCCCCCTCCCCCAGCAGAAACTAATGG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057766277.1
MRSRLGHRHQSKQSGVKGMFGRLSFAVIVLVICTVSLLSTVKSNTRSISRSQQIDVDTLWDTAASGGWRPSSAPRSDWPPPPAETNGYLRVRCNGGLNQQRSAICNAVLAARIMNATLVLPELDANSFWHDDSGFHGVYDVEHFIKSLRYDVRIVESIPEVRKNGKTKKMKAFQIRPPRDASVSWYTTDALAKMKEHGAIYLTPFSHRLAEEIDNPEYQRLRCRVNYHALRFKPHIMELSNSIVNRLRAQGHFMAIHLRF...
XP_057766278.1
MRSRLGHRHQSKQSGVKGMFGRLSFAVIVLVICTVSLLSTVKSNTRSISRSQQIDVDTLWDTAASGGWRPSSAPRSDWPPPPAETNGYLRVRCNGGLNQQRSAICNAVLAARIMNATLVLPELDANSFWHDDSGFHGVYDVEHFIKSLRYDVRIVESIPEVRKNGKTKKMKAFQIRPPRDASVSWYTTDALAKMKEHGAIYLTPFSHRLAEEIDNPEYQRLRCRVNYHALRFKPHIMELSNSIVNRLRAQGHFMAIHLRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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