当前解析结果
SmilChr05G002204| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002204 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002204 |
| 描述 | small ubiquitin-related modifier 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 23492813 - 23493903 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986801 |
|---|---|
| GeneID | 130986801 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986801 |
| 原始查询 | SmilChr05G002204 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | small ubiquitin-related modifier 1-like |
| 产物 | small ubiquitin-related modifier 1-like |
| Arabidopsis | AT5G55160 (SUMO2)small ubiquitin-like modifier 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835609] identity=41.6; qcov=0.778; evalue=3.17e-20; confidence=low |
| Rice | Os01g0918300 (smt3)- identity=39.1; qcov=0.879; evalue=6e-20; confidence=low |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0044389 (ubiquitin-like protein ligase binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986801 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766327.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057766327.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057766327.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766327.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766327.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766327.1PF11976
Rad60-SLD 16-85 aa
PF00240
ubiquitin 19-88 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766327.1 |
Pfam | PF11976 |
Rad60-SLD | Family | 16 | 85 | 6.8e-16 | 58.5 | Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like |
XP_057766327.1 |
Pfam | PF00240 |
ubiquitin | Domain | 19 | 88 | 6.2e-10 | 39.4 | Ubiquitin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。