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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002204

染色体: Chr05 坐标: 23492813-23493903 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002204
名称SmilChr05G002204
描述small ubiquitin-related modifier 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23492813 - 23493903 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986801
GeneID130986801
locus_tag-
NCBI NameLOC130986801
原始查询SmilChr05G002204

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述small ubiquitin-related modifier 1-like
产物small ubiquitin-related modifier 1-like
ArabidopsisAT5G55160 (SUMO2)
small ubiquitin-like modifier 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835609]
identity=41.6; qcov=0.778; evalue=3.17e-20; confidence=low
RiceOs01g0918300 (smt3)
-
identity=39.1; qcov=0.879; evalue=6e-20; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0044389 (ubiquitin-like protein ligase binding)
KEGG-
PfamPF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766327.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766327.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057766327.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766327.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766327.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766327.1
99 aa
N
1
50
99
Rad60-SLD
ubiquitin
C
PF11976 Rad60-SLD 16-85 aa PF00240 ubiquitin 19-88 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766327.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 16 85 6.8e-16 58.5 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057766327.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 19 88 6.2e-10 39.4 Ubiquitin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910344.1
CTCTCTCTCTCTTCAATTTTAGTCTTCTCCGTTGAACAGCAGGTAAGGTAAGGCCCCTAACACATTTCTTTCCTTCTCCATTTCTCTCTCTTGTCTACAAAAAATGTTTGTGTCAACTCTTCTAGTCTACAAAAATTTATTTGAATTTAAAGCAAATTAATATACCAAAAAAAGTCCCATTTCGGTTCATTATAAAAACAGATGGTGAAGAAAGTGGGAGGAGGAGGCACTACCAATGCCAACAAAATTAATGTTTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986801
ATGGTGAAGAAAGTGGGAGGAGGAGGCACTACCAATGCCAACAAAATTAATGTTTCCATCAAGTCTCAGGATGGTGACACAATCTTTTTTCGGGTTTCTCGGCACAAGAGTATACAAGATATGCTTAAAGTTTACTGTCAACAGAAAAATTTCAAATATAGTGAGATGTCCTTTATTCACGAGGGAAATCGAATCCCAAGGACAAAGACTGTCTTTGAGCTTGGCATAGAAGATGGAGACGAGATAGATGCAATGAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766327.1
MVKKVGGGGTTNANKINVSIKSQDGDTIFFRVSRHKSIQDMLKVYCQQKNFKYSEMSFIHEGNRIPRTKTVFELGIEDGDEIDAMKHQGGGGNPMASTT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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