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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002206

染色体: Chr05 坐标: 23523342-23525067 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002206
名称SmilChr05G002206
描述uncharacterized SmilChr05G002206
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23523342 - 23525067 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986786
GeneID130986786
locus_tag-
NCBI NameLOC130986786
原始查询SmilChr05G002206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=29; qcov=0.508; evalue=5.02e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766301.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766301.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766301.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766301.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23523444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:23523446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B66
Chr5:23523799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B140,B69
Chr5:23523818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:23523833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:23523879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:23523966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr5:23523990 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D1
Chr5:23523990 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D1
Chr5:23524020 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B38,B39,B66
Chr5:23524020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B66
Chr5:23524084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910318.1
TCTCACACAACGATATCCATTTCCACCGTTCGTCTGCCGGAAGTTTCTGGGGAAAATTGCAGGAGACTAACGAGTTCCAATCGACTTCGATGAAAATGAGTTCGGCACAGCAAGAATCAGGGAGCAATGATGTGTGCCATGCCCGCGTCAACAAAACCGACAAGACACGTCGGAGTTGGACCATCAAAGAGGAGGAGACCCTCATTCACGAGCTGAAGGAGTTGGTTGCTCAAGGATGGAAGTCCGACAATGGATTCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986786
ATGAAAATGAGTTCGGCACAGCAAGAATCAGGGAGCAATGATGTGTGCCATGCCCGCGTCAACAAAACCGACAAGACACGTCGGAGTTGGACCATCAAAGAGGAGGAGACCCTCATTCACGAGCTGAAGGAGTTGGTTGCTCAAGGATGGAAGTCCGACAATGGATTCCGAGCAGGCTATTTAAATAAGCTTGAATTGGCGATGAAGAACGTATTCCCGGGCACGGACTTGAAAGGTATGCCACACATTAACTCAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766301.1
MKMSSAQQESGSNDVCHARVNKTDKTRRSWTIKEEETLIHELKELVAQGWKSDNGFRAGYLNKLELAMKNVFPGTDLKGMPHINSKICAWKKNYYSLCLIFRVTGVGFNVHGDHMIDCTTEQWEQIVKKDSNARNMRKKSWPMLDAWKEVFGKDRATCDNAEDLLDAVTDMYQHRKMPQNTPEPDGDYHVNLDDVFEGEAVEESTAQSTKLEATTSGNKKKRKQSDESGNVFAYLGEISRNTGQRLDTLSSRVGYEFDVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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