当前解析结果
SmilChr05G002210| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002210 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002210 |
| 描述 | ER lumen protein-retaining receptor |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 23562165 - 23566172 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986794 |
|---|---|
| GeneID | 130986794 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986794 |
| 原始查询 | SmilChr05G002210 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ER lumen protein-retaining receptor |
| 产物 | ER lumen protein-retaining receptor |
| Arabidopsis | AT3G25040 (ERD2B)endoplasmic reticulum retention defective 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822095] identity=81.4; qcov=1; evalue=5.74e-134; confidence=high |
| Rice | Os04g0376700- identity=82.2; qcov=0.995; evalue=3.07e-134; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0006621 (protein retention in ER lumen); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0016020 (membrane); GO:0046923 (ER lumen protein retrieval receptor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00810 (ER_lumen_recept) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986794 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vesicle | 囊泡 | 1.00000 | XP_057766317.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057766317.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057766317.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057766317.1 |
| 5 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057766317.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:23564276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766317.1PF00810
ER_lumen_recept 28-171 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766317.1 |
Pfam | PF00810 |
ER_lumen_recept | Repeat | 28 | 171 | 6.2e-59 | 199.7 | ER lumen protein retaining receptor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。