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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002219

染色体: Chr05 坐标: 23724777-23728774 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002219
名称SmilChr05G002219
描述ER lumen protein-retaining receptor
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23724777 - 23728774 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986831
GeneID130986831
locus_tag-
NCBI NameLOC130986831
原始查询SmilChr05G002219

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ER lumen protein-retaining receptor
产物ER lumen protein-retaining receptor
ArabidopsisAT3G25040 (ERD2B)
endoplasmic reticulum retention defective 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822095]
identity=81.4; qcov=1; evalue=5.74e-134; confidence=high
RiceOs04g0376700
-
identity=82.2; qcov=0.995; evalue=3.07e-134; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0006621 (protein retention in ER lumen); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0016020 (membrane); GO:0046923 (ER lumen protein retrieval receptor activity)
KEGG-
PfamPF00810 (ER_lumen_recept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057766338.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057766338.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057766338.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057766338.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057766338.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766338.1
215 aa
N
1
108
215
ER_lumen_recept
C
PF00810 ER_lumen_recept 28-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766338.1 Pfam PF00810 ER_lumen_recept Repeat 28 171 6.2e-59 199.7 ER lumen protein retaining receptor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910355.1
TTTAATAAAATAAAAAAAAATTAATCGACCCAGCCAGAGAGATCTCAGTTTCAGTTCAGTCTCAACGACTGAAAACGAAGCCAAATTACAACACGAATTGCTGCCAGATCTATTTTCTGGCCTCTTTGATTCAGTAAACTTCATATCCTAGAGAGAGGGGGAGAGAGAGAGAGAAGATGAATATATTCAGGTTAGCAGGGGATATGACCCATTTGGCAAGTGTTCTTGTTTTGCTCCTCAAGATTCACACTATCAAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986831
ATGAATATATTCAGGTTAGCAGGGGATATGACCCATTTGGCAAGTGTTCTTGTTTTGCTCCTCAAGATTCACACTATCAAATCTTGTGCTGGCGTTTCTTTGAAGACTCAGGAACTCTATGCTATTATTTTTGTTACTCGATACTTGGATCTTTTCACGGACTATATCTCACTCTACAATACATTAATGAAAATTATTTTCTTGGGAAGTTCTATATCGATAGTCTGGTATATGAAGCATCACAAGGTTGTCCGCAGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766338.1
MNIFRLAGDMTHLASVLVLLLKIHTIKSCAGVSLKTQELYAIIFVTRYLDLFTDYISLYNTLMKIIFLGSSISIVWYMKHHKVVRRSYNKDQDTFRHYVLMIPCLLLALIVNEKFSFKEVMWTFSLYLEAVAILPQLVLLQRTRNIDNLTGQYVFLLGAYRAFYILNWIYRYFTEPHYVHWIIWISGLVQTLLYADFFYYYFQSWKNNVKLELPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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