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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002220

染色体: Chr05 坐标: 23731269-23733236 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002220
名称SmilChr05G002220
描述PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23731269 - 23733236 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986832
GeneID130986832
locus_tag-
NCBI NameLOC130986832
原始查询SmilChr05G002220

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
产物PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
ArabidopsisAT4G13600 (AT4G13600)
Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826993]
identity=54.8; qcov=0.826; evalue=3.82e-45; confidence=medium
RiceOs01g0763900
-
identity=54.3; qcov=0.495; evalue=1.13e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07983 (X8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057766339.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057766339.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766339.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766339.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23732836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B51,B52,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766339.1
190 aa
N
1
95
190
X8
C
PF07983 X8 22-93 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766339.1 Pfam PF07983 X8 Domain 22 93 4.5e-20 72.8 X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910356.1
ATGTGTTGAATTCCTCCAAAACTAAGAAAAGCAATAAAAGCAAAAACACTACATAAAACAAAACAAAAGGGAAATACGAATACCCCATAAACCATAAAGAAAAAGAAACAGCAGCACCACCAATTCCAAAAAAGAAAGCAAAAGGATTATTAAGCACACCTTCATTCTCGATCCTCACCTTTCTTTTTAGCAGCGATGGCCTTCACATTCAAAGCGGTGGCGCTGTTGCTCGCCGCCACCTTCTCCGCGGCGGCAGGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986832
ATGGCCTTCACATTCAAAGCGGTGGCGCTGTTGCTCGCCGCCACCTTCTCCGCGGCGGCAGGTACGTGGTGCGTGGTGAGGAGCGACGCGACTGAAGTGGCTATGCAAAGAGCTCTGGACTACGCATGCAGCGGCGGCGCCGACTGCGCGCCCATTCAGTCTTCCGGCCTCTGCTATCTTCCCAATACTTTGCCGGCACACGCTTCCTATGCCATCAACAGTTATTACCAGCGCCGGAGGGCCAACGACCCCGCCGCCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766339.1
MAFTFKAVALLLAATFSAAAGTWCVVRSDATEVAMQRALDYACSGGADCAPIQSSGLCYLPNTLPAHASYAINSYYQRRRANDPAACSFAGAAAIAATDPSYGSCVYPSSPRNAGGMVPTPTGTNIPSTMPTLTQPPPPPTAPLYGGGGMGSVVAESPMSSASQTCFLKRSIFYITCVIFLLVFLPNLHL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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