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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002226

染色体: Chr05 坐标: 23789694-23794630 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002226
名称SmilChr05G002226
描述uncharacterized SmilChr05G002226
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23789694 - 23794630 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025681
GeneID131025681
locus_tag-
NCBI NameLOC131025681
原始查询SmilChr05G002226

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811458.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811458.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811458.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811458.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811458.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23789702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr5:23789820 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A7,B100,B7
Chr5:23789820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B100,B7
Chr5:23789848 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 20 A19,B112,B117,B124,B131,B18,B26,B34,B40,B5,B55,B6,B64,B97,C18,C19,C24,C46,C72,D5
Chr5:23789853 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A14,A15,B111,B115,B123,B135,B15,B20,B22,B25,B30,B4,B67,B68,B83,B86,C32,C36,C37,C39,C42,C61,C66,C80,C85,C86,D2,D3,D7
Chr5:23789875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr5:23789938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B133,C15
Chr5:23789983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B107,B138,C28
Chr5:23789991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,C74,C82
Chr5:23790024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B48,C4
Chr5:23790036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B48,C4
Chr5:23790193 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A14,A20,B107,B133,B138,B44,B65,C14,C15,C23,C28,C74,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955475.1
ATGGTGCCTGCAACCGCCGTGCAGCAGCAGCAACAACTTATGGTGGAGGTCGTTGGTGAACAGTACGCAGCAGCGTGCTCTCCAATCTCGAAGATGCTGATGCCGCGTGCTGGCCGGAGGGTGCTGCTGCTTGCTGTCCGGAGGCTGCTGGTGCGTGATGAACGGAGACTGCTGCTGCGTGCTCCGAGGCTCAAAGCTGCGGCGGCGCGAGTAAAGCACAAGGTGATGACTCCATATCATCCTCGAGCTAATGGGCAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025681
ATGGTGCCTGCAACCGCCGTGCAGCAGCAGCAACAACTTATGGTGGAGGTCGTTGGTGAACAGTACGCAGCAGCGTGCTCTCCAATCTCGAAGATGCTGATGCCGCGTGCTGGCCGGAGGGTGCTGCTGCTTGCTGTCCGGAGGCTGCTGGTGCGTGATGAACGGAGACTGCTGCTGCGTGCTCCGAGGCTCAAAGCTGCGGCGGCGCGAGTAAAGCACAAGGTGATGACTCCATATCATCCTCGAGCTAATGGGCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811458.1
MVPATAVQQQQQLMVEVVGEQYAAACSPISKMLMPRAGRRVLLLAVRRLLVRDERRLLLRAPRLKAAAARVKHKVMTPYHPRANGQAELANREIKQILEKSVANKKDWAKHLDDALGHIALPTRLLLAYWAMRRINLEFNEVGFTRRDLLTELDEWQNKAYESSRIYKERGKKFHDLSIRTKEFKPGQELFLYDSKLRLFPGKLQFRWRGPYVVHKSNWNETYELLASNGSTFTVNGHRPKPYFKAELDRSGEVVKFIDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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