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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002238

染色体: Chr05 坐标: 24018227-24020200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002238
名称SmilChr05G002238
描述uncharacterized SmilChr05G002238
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24018227 - 24020200 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025685
GeneID131025685
locus_tag-
NCBI NameLOC131025685
原始查询SmilChr05G002238

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0401100; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0401100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G54710 (AT5G54710)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835560]
identity=29.6; qcov=0.397; evalue=2.97e-06; confidence=low
RiceOs08g0401100
-
identity=26.3; qcov=0.465; evalue=1.13e-06; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811461.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811461.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811461.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811461.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24018477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr5:24018485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr5:24018930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr5:24019617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:24019961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955478.1
ATGAGTGATGAACAAAGTTCAGGCGATGAACAAATGTTACGCGATGAACTGTTTAAACTGACGATGCGACAGGAATGGGAAGTAGTGGTGAAGAAATACGTCGAAAATACAAATGCTCATACTCTGAAGCTTACGAAATCAGAGGACACAGCCTTCCATATAGCCATCTCCAGTTACAATCCTAAATGCCCCAACCCCAACCTCACTCACCAAAGATGCACCGAGGAAATGTTCTCTTTGATGAAGGAACGTAAATCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025685
ATGAGTGATGAACAAAGTTCAGGCGATGAACAAATGTTACGCGATGAACTGTTTAAACTGACGATGCGACAGGAATGGGAAGTAGTGGTGAAGAAATACGTCGAAAATACAAATGCTCATACTCTGAAGCTTACGAAATCAGAGGACACAGCCTTCCATATAGCCATCTCCAGTTACAATCCTAAATGCCCCAACCCCAACCTCACTCACCAAAGATGCACCGAGGAAATGTTCTCTTTGATGAAGGAACGTAAATCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811461.1
MSDEQSSGDEQMLRDELFKLTMRQEWEVVVKKYVENTNAHTLKLTKSEDTAFHIAISSYNPKCPNPNLTHQRCTEEMFSLMKERKSLCNVVKMANVRGDTPLHLAAAVGWEALCTRIASADPKLNANGETPLSDDPKLNANGETPLSDDPMLIQIRNANGETPLFIAAHHGNLNTFLALHDIYKPDETLCRRKDGNTILHSAISGEYLRLAYSILDKYKNLLNSVNVEGETPLHVLARKPNLFKSSSQLGFYESVIYEFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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