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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002271

染色体: Chr05 坐标: 24418394-24418870 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002271
名称SmilChr05G002271
描述uncharacterized SmilChr05G002271
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24418394 - 24418870 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025696
GeneID131025696
locus_tag-
NCBI NameLOC131025696
原始查询SmilChr05G002271

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025696

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811470.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811470.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811470.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811470.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24418404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B28,B46,B50,D3
Chr5:24418414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B20,C58
Chr5:24418430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C5
Chr5:24418460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B76,C42,C45,C7
Chr5:24418500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,A9,B128
Chr5:24418507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A2,B40,B9
Chr5:24418512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B74
Chr5:24418524 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 66 A11,A16,A24,A4,A5,A6,A8,B104,B108,B117,B12,B121,B127,B129,B13,B130,B132,B138,B16,B17,B22,B24,B31,B36,B38,B47,B49,B52,B60,B64,B79,B8,B82,B83,B85,B9,B94,B97,C1,C11,C12,C21,C26,C28,C3,C30,C34,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C46,C49,C50,C52,C58,C69,C7,C72,C86,C87,D1,D11,D6
Chr5:24418534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B122,C11,C20
Chr5:24418560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:24418561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:24418564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C23,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955487.1
ATGAGGCCTTACCGCCTTATTTTTGGCAAGACATGTCATTTGCCGGTGGAGATTGAGCACCGAGCCTATTGGGCTATCAAGGCAACTAACTGTGACATTGAGACCGCGGGGAAGTATCGAGCCTTGCAAATGGAAGAACTCGATGAGCTGCGCAATGAGGCGTATGAGAACGCACGAATCTACAAAGATAAGGTGAAGCGGTTGCACGATAGCCGTATTGAGCCCAAGAATGTCCAACCCGGAATGAAGGTTCTTTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025696
ATGAGGCCTTACCGCCTTATTTTTGGCAAGACATGTCATTTGCCGGTGGAGATTGAGCACCGAGCCTATTGGGCTATCAAGGCAACTAACTGTGACATTGAGACCGCGGGGAAGTATCGAGCCTTGCAAATGGAAGAACTCGATGAGCTGCGCAATGAGGCGTATGAGAACGCACGAATCTACAAAGATAAGGTGAAGCGGTTGCACGATAGCCGTATTGAGCCCAAGAATGTCCAACCCGGAATGAAGGTTCTTTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811470.1
MRPYRLIFGKTCHLPVEIEHRAYWAIKATNCDIETAGKYRALQMEELDELRNEAYENARIYKDKVKRLHDSRIEPKNVQPGMKVLLFNSRLKLFSGKLKSRWGGPFILREILPHGAVVLSKENADEQFTVNGHRVKPYLEHGSSPFVVEFQALHDPIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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