Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002276`

染色体: Chr05 坐标: 24483441-24490021 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002276`
名称	SmilChr05G002276
描述	uncharacterized SmilChr05G002276
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	24483441 - 24490021 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024179`
GeneID	`131024179`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024179`
原始查询	`SmilChr05G002276`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226]; symbol=AT1G16560; hit=AT1G16560; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226]; symbol=AT1G16560; hit=AT1G16560; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G16560` (AT1G16560) Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226] identity=69.8; qcov=0.921; evalue=3.68e-173; confidence=high
Rice	`Os05g0220100` (OSJNBb0043H23.1) - identity=66.5; qcov=0.959; evalue=4.96e-169; confidence=high
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006506 (GPI anchor biosynthetic process); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	smil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04080 (Per1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057809664.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057809664.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057809664.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809664.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809664.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:24485646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,C22,C36
`Chr5:24485649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C22
`Chr5:24489060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B43,B75,D11
`Chr5:24489639`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B21
`Chr5:24489665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A21,A6,B82,C78
`Chr5:24489761`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B107,C9
`Chr5:24489814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809664.1

342 aa

171

342

Per1

PF04080 Per1 70-330 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809664.1`	Pfam	`PF04080`	Per1	Family	70	330	2.9e-99	332.7	Per1-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953681.1
CATTAGAAAATTAGAAATAGGTTTCTGATTTCTTCTCCCTATTTTCTTTCTCGGTGCTCTCTCTCTCATCGCTCTCTGCCGCTATCACTCTCTCTCTCGGCCTCTCTCTGCCGTTTCCAGGTCGCCGCTGCTCCCGGCTCCTCCGGTAGCCCTCGCGGCGCCGCCACCCTCGCCTAGCCTTCCCCGTCGCCTCGCCCCGCCTCCTTCGACCTCGGCGCCTCCGTCAGCAGTTTCCAACGCCAAAGTTCCCAACAGTAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024179
ATGGAACGGCGTCGTTTCGTTCTCTTTCTAGCTGCCCTCTCATGCTTTGTCGGATTTTACGAAGCGAGCCCCGGTGACGCTGATCCAGTGTACAGGGCTTGTGTTTTGCAATGCGAGAAGACTGGATGTGTGGGGGAAAAGTGCTTTCAACACTGTAATTTTTCCTCTGATGGAAACCCCATTGATGGTCCATGGTATCTGCAGGAGCCACTTTACATTCAGTGGAAGCAATGGGACTGCCGCAGTGACTGTCGTTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809664.1
MERRRFVLFLAALSCFVGFYEASPGDADPVYRACVLQCEKTGCVGEKCFQHCNFSSDGNPIDGPWYLQEPLYIQWKQWDCRSDCRYHCMLSREEERHELGYKPVKYHGKWPFRRIYGIQEPVSVAFSALNLAVQFHGWVSFYILVNYKLPFRPNKKTYYEYTGLWNIYAIFAMNAWLWSAVFHSRDVDLTEKLDYSSAVALLGCSLMLAIIRAFNVRLEAARVMVAAPLIAFVTTHILYLNFYELDYGLNMKVCVAMGVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器