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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002290

染色体: Chr05 坐标: 24707175-24708947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002290
名称SmilChr05G002290
描述transcription factor MYB15-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24707175 - 24708947 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024195
GeneID131024195
locus_tag-
NCBI NameLOC131024195
原始查询SmilChr05G002290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB15-like
产物transcription factor MYB15-like
ArabidopsisAT3G23250 (MYB15)
myb domain protein 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821904]
identity=50.3; qcov=0.891; evalue=3.93e-53; confidence=high
RiceOs10g0478300 (MYB110)
-
identity=63.5; qcov=0.572; evalue=3.83e-53; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024195

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809688.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809688.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809688.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809688.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809688.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24708516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,C18,C29,C72,D2
Chr5:24708584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,C18,C29,C72,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809688.1
201 aa
N
1
100
201
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 14-61 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-75 aa PF00249 Myb_DNA-binding 67-112 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 70-119 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809688.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 14 61 8.1e-32 109.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057809688.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 17 75 8e-20 71.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057809688.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 67 112 8.1e-32 109.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057809688.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 70 119 8e-20 71.5 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953705.1
CTTTTGAATGTCGATTTTTTTTTGCGGCGTATCAAAATTGTAGTCCTCCTACAAAGTTTGGGAAATTAAAAAAAAAAAAAATCCAAAATTCGAAACATAAGGTGTACATAGCCCCACAAACTTTTGTAAGAAAAGAAGTAGTTGATCTTTGACAAATAGGTTTAGACAAAGTGGGAAATATATATAGGTTAGCTAGGCCAACTACCGCAACATTAAGGTGTTTTGGTTAGAGGACAAGATGACCGCAATTTCAACAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024195
ATGGTGAAGGCCGCTTATGTTGATAAAGATGGGTTGAAGAAAGGCGCGTGGAGCGAAGAAGAAGACAATAAATTGAGATCTTATATTGTGAGATACGGTCATTGGAACTGGCGATTGCTGCCCAAATTTGCCGGGCTGCAAAGATGTGGAAAGAGTTGCAGGTTGCGATGGATGAATTACCTGAAACCTGGTGTGAAAAGAGGGGAATTCAACCAAGAAGAAAAAGATCTCATCGCCAAACTTCATCAAGAACTCGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809688.1
MVKAAYVDKDGLKKGAWSEEEDNKLRSYIVRYGHWNWRLLPKFAGLQRCGKSCRLRWMNYLKPGVKRGEFNQEEKDLIAKLHQELGNKWSGIAAKLPGRTDNDIKNYWMTNLQKRDKSNKSTEISDEEKSSNNRKKIEKSSARSDVTSVDPKSCSRKSEKSKVSNSEMFILESSNSNSSVVLNAFKWDLNLSVEQNGLETL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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