Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002297

染色体: Chr05 坐标: 24791292-24792295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002297
名称SmilChr05G002297
描述major allergen Pru ar 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24791292 - 24792295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024203
GeneID131024203
locus_tag-
NCBI NameLOC131024203
原始查询SmilChr05G002297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述major allergen Pru ar 1-like
产物major allergen Pru ar 1-like
ArabidopsisAT1G24020 (MLP423)
MLP-like protein 423 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839014]
identity=33.1; qcov=0.85; evalue=2.49e-08; confidence=low
RiceOs03g0300400 (JIOsPR10)
-
identity=38; qcov=0.988; evalue=1.91e-33; confidence=medium
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809692.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809692.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809692.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809692.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24791560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:24791637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr5:24792110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809692.1
160 aa
N
1
80
160
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 3-155 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809692.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 3 155 3.2e-20 73.3 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953709.1
TCATATCATCAAAAGATTTAAATGGCTGCAAAATTCGTTGAAACAAAAACTATGATATCAAATTCATATCCCTCTCTTCCGCCAATCTTTATATAAATCCCCATCTCACAACATAAAACTCATTGCATTTTCCATTCATCAAGTAAATTTCATTAGTAAAAGTGATAAAAAATCTCACAATATGTCGACTGTGACCTTCACGGAGGAGTTCAGCAGCCCCATCGCCGCTCCACGGCTGTTCAAGGCTTTGATCGTCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024203
ATGTCGACTGTGACCTTCACGGAGGAGTTCAGCAGCCCCATCGCCGCTCCACGGCTGTTCAAGGCTTTGATCGTCGACGGCGACAACCTGATTCCCAAAATTGCCCCTCAAGCCATAAAAAATGTTGAGATTCTTGAAGGGAATGGAGGCCCTGGAACCATTAAGAAAATCAACTTTGCAGAAGGTAGTGAATTCAAGTACATGAAGCATAGAATTGATGGGCTTGACGAGGCAGCAATGACTTATTCATACACATTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809692.1
MSTVTFTEEFSSPIAAPRLFKALIVDGDNLIPKIAPQAIKNVEILEGNGGPGTIKKINFAEGSEFKYMKHRIDGLDEAAMTYSYTLIEGDPLMDKLDKVAYETKMEASEDGGTKGKNGSTYYTKAGVEIKEEEIKAGKDKAAGLLKAVEAYLLANPEIYA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器