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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002301

染色体: Chr05 坐标: 24833630-24845120 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002301
名称SmilChr05G002301
描述uncharacterized SmilChr05G002301
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24833630 - 24845120 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024207
GeneID131024207
locus_tag-
NCBI NameLOC131024207
原始查询SmilChr05G002301

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WD40/YVTN repeat and Bromo-WDR9-I-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835003]; symbol=AT5G49430; hit=AT5G49430; species=arabidopsis; confidence=high
产物WD40/YVTN repeat and Bromo-WDR9-I-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835003]; symbol=AT5G49430; hit=AT5G49430; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G49430 (AT5G49430)
WD40/YVTN repeat and Bromo-WDR9-I-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835003]
identity=55.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0306200 (OsWD40-69)
-
identity=50.2; qcov=0.125; evalue=1.65e-72; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0007010 (cytoskeleton organization); GO:0008360 (regulation of cell shape)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF00439 (Bromodomain); PF25313 (BRWD_AD); PF25437 (BRWD1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024207

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809697.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809697.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809697.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809697.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24833972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B125,C12
Chr5:24834018 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 29 A15,A25,B106,B126,B140,B2,B24,B30,B40,B51,B52,B69,B81,B9,B99,C1,C12,C3,C35,C36,C38,C45,C51,C65,C8,C80,C87,D1,D4
Chr5:24834023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,B93,C23,C8
Chr5:24834441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr5:24835100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C39
Chr5:24835219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:24835339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:24835942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr5:24836032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:24836454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:24837012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B125,C12,C39,D11
Chr5:24837034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809697.1
1715 aa
N
1
858
1715
BRWD1_N
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
BRWD_AD
Bromodomain
C
PF25437 BRWD1_N 38-133 aa PF00400 WD40 236-270 aa PF00400 WD40 276-311 aa PF00400 WD40 318-357 aa PF00400 WD40 390-419 aa PF00400 WD40 571-610 aa PF25313 BRWD_AD 1426-1600 aa PF00439 Bromodomain 1643-1694 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809697.1 Pfam PF25437 BRWD1_N Domain 38 133 1.6e-34 118.7 BRWD1-like, N-terminal domain
XP_057809697.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 236 270 4.1e-43 144.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057809697.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 276 311 4.1e-43 144.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057809697.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 318 357 4.1e-43 144.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057809697.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 390 419 4.1e-43 144.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057809697.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 571 610 4.1e-43 144.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057809697.1 Pfam PF25313 BRWD_AD Domain 1426 1600 4.5e-61 206.6 BRWD/PHIP ancillary domain-like domain
XP_057809697.1 Pfam PF00439 Bromodomain Domain 1643 1694 3.5e-08 34.0 Bromodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953714.1
AGATATATATACGCAAACGCATCGTTTTGTCTCTCTCTCTACAATTCTCTCCAAACTCTCTTCCCTACAAAAGCAAACTACACAGTGTTTATGCAAAAACTCAGAGCTCCCTCCAATATATCTAACAATTAATCATAAAAATCCCACCTCAATTCTCTATTTTTCTCCTCATTCATCTGGCCCCTTTTGATTCTGGTATAAAATATGATGTCGAAATTGTATTTTGTTGCCTGACTCATGCCACATTCGATCCCCATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024207
ATGGCTCTCAGGAAATATGCCCCCAGTGGTAGTGCAACTCCTGTTAATATTAAATCCCTGAGCTTCTCTAACAAGGAGAATGGAAAAGCCAATGAGGCAGATTTACAGAGAAGACCCACTGAAGCTGATGTGGATATTGACCTCAGAGAGGTGTATTTTCTAATCATGCATTTCCTCTCAGCTGGACCATGCCACAGAACTTATGGGCAGTTTTGGAATGAACTTTTGGAGCACCAACTTTTACCTAGAAGATATCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809697.1
MALRKYAPSGSATPVNIKSLSFSNKENGKANEADLQRRPTEADVDIDLREVYFLIMHFLSAGPCHRTYGQFWNELLEHQLLPRRYHSWYSRSGLPSGDENDDGTSFPLSYNKLVERHPHVEKDHLVKLLKQLLLGAVAPTQDVIGGNIVNAASVPTLLGTGSFSLLASDHNGRENKSRHPPSYMRWPHKLIGQVHGLSLREIGGGFTRHHRAPSVRAACYVIAKPSTMVQKMQNFKSVRGHRNAVYCAIFDRSGRYVITG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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