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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002305

染色体: Chr05 坐标: 24908335-24909760 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002305
名称SmilChr05G002305
描述bZIP transcription factor 53-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24908335 - 24909760 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024210
GeneID131024210
locus_tag-
NCBI NameLOC131024210
原始查询SmilChr05G002305

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bZIP transcription factor 53-like
产物bZIP transcription factor 53-like
ArabidopsisAT3G62420 (BZIP53)
basic region/leucine zipper motif 53 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825415]
identity=34.7; qcov=0.955; evalue=1.04e-25; confidence=low
RiceOs12g0560900 (OsOBF1)
-
identity=35.4; qcov=0.844; evalue=8.52e-16; confidence=low
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809703.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809703.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809703.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809703.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24909441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809703.1
154 aa
N
1
77
154
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 23-61 aa PF00170 bZIP_1 24-71 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809703.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 23 61 6.2e-05 23.7 Basic region leucine zipper
XP_057809703.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 24 71 1.7e-09 38.3 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953720.1
AAACCAAGATAATGGAGACATCAAATATGTGGCTACTCGGCCTTCTTTCTTGAAAATGCTCGTGTATTAGAAAAACAAAAATCAACAAAACCTGTGGCAGACTTTTCTATATGAAAAAGAACTAGATAAAGATAAAATTTTGTCTCTCCAAACTTTTTCTCCAATTTATAAAACCTTATCCACATTCACAAAGTCTATACTCCATTTAATTACTTTAAGTACAATGCACACACACATATATGCATATTGTGTGTGCTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024210
ATGTCATCCATAAACATCTCGAGTTCATCGGAAGACGACGGAAACTGCAGATATGCAGCCATCGCAGACGACAAGAAGAGGAAGAGGATGATCTCAAACCGCGAATCGGCGCGGCGCTCGAGGATGAAGAGGGAGCAGCATATGAAGGATCTGAACGATCAGATCACGTATTTCAGATCCAAGAGCGGCGAGATTGCGAGGAGGATCGAAGAGATAGGGCGGCGCTACGCGGCGGTGGAGGCGGAGAACAGAGTCTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809703.1
MSSINISSSSEDDGNCRYAAIADDKKRKRMISNRESARRSRMKREQHMKDLNDQITYFRSKSGEIARRIEEIGRRYAAVEAENRVLRSHGQELKKRLLLLEEMAASYKSSSARCIVEEDEDDDCFVMDVLQDPHHEPWLHPPFQSQTVDGIYQF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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