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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002337

染色体: Chr05 坐标: 25313232-25319970 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002337
名称SmilChr05G002337
描述ATP-citrate synthase beta chain protein 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向25313232 - 25319970 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024238
GeneID131024238
locus_tag-
NCBI NameLOC131024238
原始查询SmilChr05G002337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATP-citrate synthase beta chain protein 2
产物ATP-citrate synthase beta chain protein 2
ArabidopsisAT5G49460 (ACLB-2)
ATP citrate lyase subunit B 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835006]
identity=92.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0300200 (ACLB-1)
-
identity=90.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003878 (ATP citrate synthase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006085 (acetyl-CoA biosynthetic process); GO:0006099 (tricarboxylic acid cycle); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00020 (Citrate cycle (TCA cycle) - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00285 (Citrate_synt); PF00549 (Ligase_CoA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809736.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809736.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057809736.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809736.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809736.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:25314636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B65,B82,C28,C78
Chr5:25315034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B78,B93,C23,C8,D7
Chr5:25316205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:25316223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:25317575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr5:25317722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:25318186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C24
Chr5:25318255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr5:25318382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C79,C85
Chr5:25318777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C40,C43
Chr5:25318921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809736.1
608 aa
N
1
304
608
Ligase_CoA
Citrate_synt
C
PF00549 Ligase_CoA 173-298 aa PF00285 Citrate_synt 400-597 aa
XP_057809737.1
608 aa
N
1
304
608
Ligase_CoA
Citrate_synt
C
PF00549 Ligase_CoA 173-298 aa PF00285 Citrate_synt 400-597 aa
XP_057809739.1
608 aa
N
1
304
608
Ligase_CoA
Citrate_synt
C
PF00549 Ligase_CoA 173-298 aa PF00285 Citrate_synt 400-597 aa
XP_057809740.1
608 aa
N
1
304
608
Ligase_CoA
Citrate_synt
C
PF00549 Ligase_CoA 173-298 aa PF00285 Citrate_synt 400-597 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809736.1 Pfam PF00549 Ligase_CoA Domain 173 298 4e-20 73.0 CoA-ligase
XP_057809736.1 Pfam PF00285 Citrate_synt Domain 400 597 5.6e-19 69.1 Citrate synthase, C-terminal domain
XP_057809737.1 Pfam PF00549 Ligase_CoA Domain 173 298 4e-20 73.0 CoA-ligase
XP_057809737.1 Pfam PF00285 Citrate_synt Domain 400 597 5.6e-19 69.1 Citrate synthase, C-terminal domain
XP_057809739.1 Pfam PF00549 Ligase_CoA Domain 173 298 4e-20 73.0 CoA-ligase
XP_057809739.1 Pfam PF00285 Citrate_synt Domain 400 597 5.6e-19 69.1 Citrate synthase, C-terminal domain
XP_057809740.1 Pfam PF00549 Ligase_CoA Domain 173 298 4e-20 73.0 CoA-ligase
XP_057809740.1 Pfam PF00285 Citrate_synt Domain 400 597 5.6e-19 69.1 Citrate synthase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953753.1
AGAAATTGGCCAAACCGCCAAATACATGGCGACGAGATTATGAAATTTTTTATGCCAATTAGAGAAATACATATTGAATTTTGAAATCCAAATCAAATAAAAATATTTATTCAACTATTCATAGCACACCTTCTATTAACAAACTAACAACCCACACTTCATTCCCTATATATATATATATAGTCACTACAATTCAGCCACCTCCTACTCCTCTCCTACAACAATATCAGATTAGATTTTAGTACTGATTCTTCCTTCCT...
XM_057953756.1
ATATATAGTCACTACAATTCAGCCACCTCCTACTCCTCTCCTACAACAATATCAGATTAGATTTTAGTACTGATTCTTCCTTCCTGAGTTGGAGTTAATTTGACTGAAAGGATCTGTTTGTGGTGAATCCAGCGGGCTGTACGTGTAATTGTATTGGTTTATTGATTTCTTGGCAGTGTTTATGTTGTTGAAGGAGGTGTTTTGGCAAAACCATGGCGACGGGACAGCTTTTCTCAAAAACCACTCAAGCATTGTTCTAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131024238
ATGGCGACGGGACAGCTTTTCTCAAAAACCACTCAAGCATTGTTCTATAATTACAAGCAATTGCCAATTCAGCGAATGCTTGATTTTGATTTCCTTTGTGGCAGGGAAACACCTTCTGTTGCTGGAATTATAAATCCTGGTTCTGAGGGATTCCAGAAACTATTTTTTGGTCAAGAGGAAATTGCGATTCCAGTCCATTCTGCTATCGAAGCCGCTTGTGCTGCCCATCCAACAGCTGATGTTTTCATTAACTTTGCATC...
LOC131024238
ATGGCGACGGGACAGCTTTTCTCAAAAACCACTCAAGCATTGTTCTATAATTACAAGCAATTGCCAATTCAGCGAATGCTTGATTTTGATTTCCTTTGTGGCAGGGAAACACCTTCTGTTGCTGGAATTATAAATCCTGGTTCTGAGGGATTCCAGAAACTATTTTTTGGTCAAGAGGAAATTGCGATTCCAGTCCATTCTGCTATCGAAGCCGCTTGTGCTGCCCATCCAACAGCTGATGTTTTCATTAACTTTGCATC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057809736.1
MATGQLFSKTTQALFYNYKQLPIQRMLDFDFLCGRETPSVAGIINPGSEGFQKLFFGQEEIAIPVHSAIEAACAAHPTADVFINFASFRSAAASSMAALKQPTIKVVAIIAEGVPESDAKQLIAYAKANNKVVIGPATVGGIQAGAFKIGDTAGTIDNIIHCKLYRPGSVGFVSKSGGMSNELYNSIARVTDGIYEGIAIGGDVFPGSTLSDHVLRFNNIPQVKMIVVLGELGGRDEYSLVEALKQGKISKPVVAWVSGT...
XP_057809737.1
MATGQLFSKTTQALFYNYKQLPIQRMLDFDFLCGRETPSVAGIINPGSEGFQKLFFGQEEIAIPVHSAIEAACAAHPTADVFINFASFRSAAASSMAALKQPTIKVVAIIAEGVPESDAKQLIAYAKANNKVVIGPATVGGIQAGAFKIGDTAGTIDNIIHCKLYRPGSVGFVSKSGGMSNELYNSIARVTDGIYEGIAIGGDVFPGSTLSDHVLRFNNIPQVKMIVVLGELGGRDEYSLVEALKQGKISKPVVAWVSGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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