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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002340

染色体: Chr05 坐标: 25354433-25360443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002340
名称SmilChr05G002340
描述uncharacterized SmilChr05G002340
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向25354433 - 25360443 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024241
GeneID131024241
locus_tag-
NCBI NameLOC131024241
原始查询SmilChr05G002340

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PAS domain-containing protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835007]; symbol=AT5G49470; hit=AT5G49470; species=arabidopsis; confidence=high
产物PAS domain-containing protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835007]; symbol=AT5G49470; hit=AT5G49470; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G49470 (AT5G49470)
PAS domain-containing protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835007]
identity=58.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0562500
-
identity=52.2; qcov=0.623; evalue=7.28e-144; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00989 (PAS); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08448 (PAS_4); PF13188 (PAS_8); PF13426 (PAS_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809743.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057809743.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809743.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809743.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:25354911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr5:25354957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B126,B131,B49,B95
Chr5:25354974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B139,B140,B61,C37
Chr5:25354975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B139,B140,B61
Chr5:25354987 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B69
Chr5:25354987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:25355083 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A1,A21,B100,B106,B109,B118,B128,B130,B137,B139,B17,B22,B67,B69,B70,B73,B89,B91,B97,C24,C45,C47,C48,C60,C72,D2,D3
Chr5:25355113 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A7,B1,B121,B21,B85,C14,C5
Chr5:25355157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr5:25355159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr5:25355167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C78
Chr5:25355248 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809743.1
775 aa
N
1
388
775
PAS
PAS_8
PAS_4
PAS_9
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00989 PAS 127-236 aa PF13188 PAS_8 130-180 aa PF08448 PAS_4 133-237 aa PF13426 PAS_9 139-236 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 499-751 aa PF00069 Pkinase 501-749 aa
XP_057809744.1
775 aa
N
1
388
775
PAS
PAS_8
PAS_4
PAS_9
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00989 PAS 127-236 aa PF13188 PAS_8 130-180 aa PF08448 PAS_4 133-237 aa PF13426 PAS_9 139-236 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 499-751 aa PF00069 Pkinase 501-749 aa
XP_057809745.1
745 aa
N
1
372
745
PAS
PAS_8
PAS_4
PAS_9
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00989 PAS 97-206 aa PF13188 PAS_8 100-150 aa PF08448 PAS_4 103-207 aa PF13426 PAS_9 109-206 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 469-721 aa PF00069 Pkinase 471-719 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809743.1 Pfam PF00989 PAS Domain 127 236 3.8e-14 53.4 PAS fold
XP_057809743.1 Pfam PF13188 PAS_8 Domain 130 180 1.3e-05 25.6 PAS domain
XP_057809743.1 Pfam PF08448 PAS_4 Domain 133 237 1.4e-09 38.9 PAS fold
XP_057809743.1 Pfam PF13426 PAS_9 Domain 139 236 5.2e-09 37.0 PAS domain
XP_057809743.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 499 751 3.2e-68 230.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809743.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 501 749 3.4e-55 188.0 Protein kinase domain
XP_057809744.1 Pfam PF00989 PAS Domain 127 236 3.8e-14 53.4 PAS fold
XP_057809744.1 Pfam PF13188 PAS_8 Domain 130 180 1.3e-05 25.6 PAS domain
XP_057809744.1 Pfam PF08448 PAS_4 Domain 133 237 1.4e-09 38.9 PAS fold
XP_057809744.1 Pfam PF13426 PAS_9 Domain 139 236 5.2e-09 37.0 PAS domain
XP_057809744.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 499 751 3.2e-68 230.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809744.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 501 749 3.4e-55 188.0 Protein kinase domain
XP_057809745.1 Pfam PF00989 PAS Domain 97 206 3.6e-14 53.4 PAS fold
XP_057809745.1 Pfam PF13188 PAS_8 Domain 100 150 1.3e-05 25.7 PAS domain
XP_057809745.1 Pfam PF08448 PAS_4 Domain 103 207 1.3e-09 38.9 PAS fold
XP_057809745.1 Pfam PF13426 PAS_9 Domain 109 206 4.9e-09 37.1 PAS domain
XP_057809745.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 469 721 3e-68 230.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809745.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 471 719 3.2e-55 188.1 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101703.1
ACCGCCTGCAAGCCTGAGCTCAAAGAAATGGAGCCAATTTAGTTTTGAGGAAGAGAAAGAGAGAGAGAGAAGTAAGCAGCCTAAGCTACAAAAGAGTTGGGCGAGAGATAATCAAGCGAAGGAGGCCAAAAGATTGATGCTCTATAATCCTTCAAAGGAGCAAGGAAAATTCCAGTGATCTCAGTCATGGATCCATTATTGAAGTTATTCCTAGAGAGAGGGAGAGAGGGAAAGTGGGGAAACGGTGCGAAGAGTTTTGA...
XM_057953760.1
ACCGCCTGCAAGCCTGAGCTCAAAGAAATGGAGCCAATTTAGTTTTGAGGAAGAGAAAGAGAGAGAGAGAAGTAAGCAGCCTAAGCTACAAAAGAGTTGGGCGAGAGATAATCAAGCGAAGGAGGCCAAAAGATTGATGCTCTATAATCCTTCAAAGGAGCAAGGAAAATTCCAGTGATCTCAGTCATGGATCCATTATTGAAGTTATTCCTAGAGAGAGGGAGAGAGGGAAAGTGGGGAAACGGTGCGAAGAGTTTTGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131024241
ATGAAGAGGAGCAGCACAGCTGAATCAGCTTCCGCAGCGGCCGCGCCACTGCTGACGGAGGAGCTGCTGAAGAAGATTCAGGAATTGGAAATGGGGCAGGTCCGTTTGAAGCAGGAGATGTCGCAGCTCATGGCTTCACCGGCGGCAGCTAAGATTGTGGCCGCTGATTACCATCAGAGGCAGAGGTCGCAGTCGATTTCGCCGCAGAGGTCTCCACGGTCGAGAGTCGACGACGTCGCGGACGGCGGCGCAGCTGTGGC...
LOC131024241
ATGAAGAGGAGCAGCACAGCTGAATCAGCTTCCGCAGCGGCCGCGCCACTGCTGACGGAGGAGCTGCTGAAGAAGATTCAGGAATTGGAAATGGGGCAGGTCCGTTTGAAGCAGGAGATGTCGCAGCTCATGGCTTCACCGGCGGCAGCTAAGATTGTGGCCGCTGATTACCATCAGAGGCAGAGGTCGCAGTCGATTTCGCCGCAGAGGTCTCCACGGTCGAGAGTCGACGACGTCGCGGACGGCGGCGCAGCTGTGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057809743.1
MKRSSTAESASAAAAPLLTEELLKKIQELEMGQVRLKQEMSQLMASPAAAKIVAADYHQRQRSQSISPQRSPRSRVDDVADGGAAVAWKKGSASFRHSSPLQRESRHRGTLGGAAGEPAAVNFTDKQYVNILQSMGQTIHIVGPDHRLIYWNRRAEELFGYSSEEAIGSDVLELLTDPRDHGAGSEILRRVGMGENWTGQFPVKAKTGERFSIVATNTPFYDDAGLYLGVICVTNDTRPFEEAKAVMMAAQRSCWDNVSN...
XP_057809744.1
MKRSSTAESASAAAAPLLTEELLKKIQELEMGQVRLKQEMSQLMASPAAAKIVAADYHQRQRSQSISPQRSPRSRVDDVADGGAAVAWKKGSASFRHSSPLQRESRHRGTLGGAAGEPAAVNFTDKQYVNILQSMGQTIHIVGPDHRLIYWNRRAEELFGYSSEEAIGSDVLELLTDPRDHGAGSEILRRVGMGENWTGQFPVKAKTGERFSIVATNTPFYDDAGLYLGVICVTNDTRPFEEAKAVMMAAQRSCWDNVSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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