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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002358

染色体: Chr05 坐标: 25600316-25602477 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002358
名称SmilChr05G002358
描述probable pectin methylesterase CGR2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向25600316 - 25602477 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024255
GeneID131024255
locus_tag-
NCBI NameLOC131024255
原始查询SmilChr05G002358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable pectin methylesterase CGR2
产物probable pectin methylesterase CGR2
ArabidopsisAT3G49720 (AT3G49720)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824134]
identity=66.7; qcov=0.969; evalue=7.45e-104; confidence=high
RiceOs01g0144000
-
identity=54.9; qcov=1; evalue=2.83e-84; confidence=high
GOGO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0045488 (pectin metabolic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057809759.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057809759.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809759.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809759.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:25600424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C24,C54,C74
Chr5:25600493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,B89,C63,C87
Chr5:25601781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr5:25601820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C8,D4
Chr5:25601974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C20
Chr5:25602016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,C19,C20,C39,C47
Chr5:25602400 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B37,B69,C38,C44
Chr5:25602400 TA T 1bp_deletion CDS_variant 4 B37,B69,C38,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953776.1
CATCATTCACTAAAGGTCTCTGTGCTTCCTGGCTTCAAAAACTTGTCCTTATCTTCTGGTCCTTTCAATCCTCGGCAGGTTCTTCAAACTCTTAAGCGATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCTTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCATTGCTGGTTGTTGGTTATCTTTATCACAGTTCAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024255
ATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCTTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCATTGCTGGTTGTTGGTTATCTTTATCACAGTTCAGGTAGCAGGAGTGGTGACATAAATAGTTTAAGTAGACTTGAAGGTGGTGTTTCTTGTACTCTAGAAGTTCAGAAAATAATACCTATTCTGAAGAAAACATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809759.1
MSRRPNAARRIGDGGSIPFVGALHSKAQTSPLLSIGIFVVGALLVVGYLYHSSGSRSGDINSLSRLEGGVSCTLEVQKIIPILKKTYGDSMKKVLHVGPETCSVVSQLLKQEDTEVWGIEPYELDDADASCKNLVRKGIVRVADIKFPLPYRPKTFSLVIVSDALDYLSPKYLNKTVPQLARVASDGLVILSGYPGQQRAKVSELSKWGRPVIVKIYFIFGTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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