Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002384`

染色体: Chr05 坐标: 26284436-26299761 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002384`
名称	SmilChr05G002384
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL6
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	26284436 - 26299761 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024276`
GeneID	`131024276`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024276`
原始查询	`SmilChr05G002384`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL6
产物	E3 ubiquitin-protein ligase UPL6
Arabidopsis	`AT3G17205` (UPL6) ubiquitin protein ligase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820979] identity=65.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0159000` - identity=58.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00632 (HECT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809773.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057809773.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057809773.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809773.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809773.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:26284644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr5:26286994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:26288073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:26291819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B77
`Chr5:26292070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B139
`Chr5:26293393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr5:26294961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:26295560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr5:26299273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,C35,D11,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809773.1

1028 aa

514

1028

HECT

PF00632 HECT 723-1028 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809773.1`	Pfam	`PF00632`	HECT	Domain	723	1028	1.3e-93	314.7	HECT-domain (ubiquitin-transferase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953790.1
GTTACTGTTGAATCACTGTAAACTACGTTTTTCTCTACATCTTTCTTCCTCCTTTAGGACTAGGAGACTTCCGCTTGATTTCTTCATCAACAAGTCTAGCTTCTGAATTAGGGTTTTAGATTGGCAGAATATCGAATTTGGAAATATGTTTTTCAGCGGTGATCCGACCACGCGAAAACGGGTGGATTTGGGTGGTCGGAGCTCCAAAGAGCGAGACCGCCAGAAGCTTCTGGAGCAGACGCGACTGGAGAGGAACCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024276
ATGTTTTTCAGCGGTGATCCGACCACGCGAAAACGGGTGGATTTGGGTGGTCGGAGCTCCAAAGAGCGAGACCGCCAGAAGCTTCTGGAGCAGACGCGACTGGAGAGGAACCAACGCCTATGGCTCCGTCAGCAGAATTCGGCTGCTCTTATAATTCAGAAATGCTTCAGAGGAAGAAGGGTGGTCGAGTGTGAACGTTCCAAAGTCCGTGAGAAGTTTTTCCTGAACTATGGGCAGTATTGTCAAGATGTCAACAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809773.1
MFFSGDPTTRKRVDLGGRSSKERDRQKLLEQTRLERNQRLWLRQQNSAALIIQKCFRGRRVVECERSKVREKFFLNYGQYCQDVNRQCFGPDSDCIYQFLFFFNPRYVADFSALVEICRLLLEFVRDSGDAVSLFAGTVYSSNCALVEYRVKNLAYACLRAIYQNRDHLKDQLFSAPEKFNQSANVLLEAVILLIDPTLPWACNVVSYLSERNMFSMLREIFLLEKKNLQGSTGNISALERLLALIISHVDQASCTCSSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器