Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002421`

染色体: Chr05 坐标: 26709838-26712749 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002421`
名称	SmilChr05G002421
描述	pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	26709838 - 26712749 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026194`
GeneID	`131026194`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026194`
原始查询	`SmilChr05G002421`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase, mitochondrial
产物	pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G06483` (PDK) pyruvate dehydrogenase kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819826] identity=80.8; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0637300` (OS-PYDK) - identity=77.5; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004740 (pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0010906 (regulation of glucose metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF02518 (HATPase_c); PF10436 (BCDHK_Adom3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026194

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057811953.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.60000	`XP_057811954.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057811953.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811954.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811954.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:26709941`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B129
`Chr5:26709941`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B129
`Chr5:26711924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:26712523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811953.1

369 aa

184

369

BCDHK_Adom3

HATPase_c

PF10436 BCDHK_Adom3 27-187 aa PF02518 HATPase_c 231-350 aa

XP_057811954.1

367 aa

184

367

BCDHK_Adom3

HATPase_c

PF10436 BCDHK_Adom3 27-187 aa PF02518 HATPase_c 231-356 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811953.1`	Pfam	`PF10436`	BCDHK_Adom3	Family	27	187	2.7e-54	184.1	Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
`XP_057811953.1`	Pfam	`PF02518`	HATPase_c	Domain	231	350	3.4e-13	50.7	Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase
`XP_057811954.1`	Pfam	`PF10436`	BCDHK_Adom3	Family	27	187	2.7e-54	184.1	Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
`XP_057811954.1`	Pfam	`PF02518`	HATPase_c	Domain	231	356	1.7e-14	54.9	Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955970.1
ATGGCGGCGACGTTCAAGAAAGCGTCCAAAGATCTAATCGACGAGGCTCGAAGATGGGCTGCCATGAAACAGACTGGCGTCAGCCTCCGTTACATGACGGAATTCGGGTCCCGCCCCACGCCCCGTAATCTCCTCATCTCTGCTCAATTCCTCCACAAGGAGCTCCCTATTCGCATCGCCCGCCGCGCCGTCGAGCTCGAGTCTCTCCCCTACGGCCTCTCCCTTAAACCCGCCGTTTTGAAGGTAAGAGATTGGTATTT...

XM_057955971.1
ATGGCGGCGACGTTCAAGAAAGCGTCCAAAGATCTAATCGACGAGGCTCGAAGATGGGCTGCCATGAAACAGACTGGCGTCAGCCTCCGTTACATGACGGAATTCGGGTCCCGCCCCACGCCCCGTAATCTCCTCATCTCTGCTCAATTCCTCCACAAGGAGCTCCCTATTCGCATCGCCCGCCGCGCCGTCGAGCTCGAGTCTCTCCCCTACGGCCTCTCCCTTAAACCCGCCGTTTTGAAGGTAAGAGATTGGTATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131026194
ATGGCGGCGACGTTCAAGAAAGCGTCCAAAGATCTAATCGACGAGGCTCGAAGATGGGCTGCCATGAAACAGACTGGCGTCAGCCTCCGTTACATGACGGAATTCGGGTCCCGCCCCACGCCCCGTAATCTCCTCATCTCTGCTCAATTCCTCCACAAGGAGCTCCCTATTCGCATCGCCCGCCGCGCCGTCGAGCTCGAGTCTCTCCCCTACGGCCTCTCCCTTAAACCCGCCGTTTTGAAGGTAAGAGATTGGTATTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057811953.1
MAATFKKASKDLIDEARRWAAMKQTGVSLRYMTEFGSRPTPRNLLISAQFLHKELPIRIARRAVELESLPYGLSLKPAVLKVRDWYLESFRDVRSFPEIKDNGDELDFTQMIKMVKVRHNNVVPMMALGVQQLKKDLNPKIVYEDLDEIHQFLDRFYMSRIGIRMLIGQHVALHDPDPPPDCVGYIHTKMSPVEVARSASEDARAICLREYGSAPDINIYGDPKFTFPYVPTHLHLMVFELVKNSLRAVQEQYMNSDKIA...

XP_057811954.1
MAATFKKASKDLIDEARRWAAMKQTGVSLRYMTEFGSRPTPRNLLISAQFLHKELPIRIARRAVELESLPYGLSLKPAVLKVRDWYLESFRDVRSFPEIKDNGDELDFTQMIKMVKVRHNNVVPMMALGVQQLKKDLNPKIVYEDLDEIHQFLDRFYMSRIGIRMLIGQHVALHDPDPPPDCVGYIHTKMSPVEVARSASEDARAICLREYGSAPDINIYGDPKFTFPYVPTHLHLMVFELVKNSLRAVQEQYMNSDKIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器