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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002427

染色体: Chr05 坐标: 26741180-26744591 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002427
名称SmilChr05G002427
描述uncharacterized SmilChr05G002427
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26741180 - 26744591 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026199
GeneID131026199
locus_tag-
NCBI NameLOC131026199
原始查询SmilChr05G002427

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=high
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=63.2; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0632700
-
identity=45.6; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026199

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811958.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811958.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811958.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811958.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811958.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26741963 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B32
Chr5:26741963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr5:26742502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B102,C14,D10
Chr5:26742505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B21,C35
Chr5:26742511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,B77
Chr5:26742769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C14,D10
Chr5:26742818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:26742898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:26744027 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B10
Chr5:26744027 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811958.1
768 aa
N
1
384
768
PB1
DBD_Tnp_Mut
MULE
SWIM
C
PF00564 PB1 27-92 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 177-243 aa PF10551 MULE 373-464 aa PF04434 SWIM 626-653 aa
XP_057811960.1
740 aa
N
1
370
740
PB1
DBD_Tnp_Mut
MULE
SWIM
C
PF00564 PB1 27-92 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 177-243 aa PF10551 MULE 373-464 aa PF04434 SWIM 626-653 aa
XP_057811961.1
629 aa
N
1
314
629
DBD_Tnp_Mut
MULE
SWIM
C
PF03108 DBD_Tnp_Mut 38-104 aa PF10551 MULE 234-325 aa PF04434 SWIM 487-514 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811958.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 27 92 2.7e-09 37.6 PB1 domain
XP_057811958.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 177 243 3.6e-25 88.1 MuDR family transposase
XP_057811958.1 Pfam PF10551 MULE Domain 373 464 1.7e-13 51.4 MULE transposase domain
XP_057811958.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 626 653 1.1e-09 38.3 SWIM zinc finger
XP_057811960.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 27 92 2.4e-09 37.7 PB1 domain
XP_057811960.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 177 243 3.4e-25 88.2 MuDR family transposase
XP_057811960.1 Pfam PF10551 MULE Domain 373 464 1.6e-13 51.6 MULE transposase domain
XP_057811960.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 626 653 1e-09 38.4 SWIM zinc finger
XP_057811961.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 38 104 2.7e-25 88.5 MuDR family transposase
XP_057811961.1 Pfam PF10551 MULE Domain 234 325 1.4e-13 51.7 MULE transposase domain
XP_057811961.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 487 514 8.4e-10 38.7 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955975.1
GGTAGGATTTGCGGTAGGCGATATCGGTTAAAACGGGCTACTTCCTCTCCAGACCCGGAGGATGGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCCGGAAACCCTTTTCTTCTGTGGTGGCATCAACATTGTATTTCCGCAAATTTCAATTTCATGCTTCCTGACAGACTAATTCTCTACGGCTATTTGTGATTATTATTATCATCTTGTGGAGTATTTGTCCTTGGCGTGTGTAGAATTTGTGGTTTATTATCTGCTGCTTATGGCCACT...
XM_057955977.1
ACGGGCTACTTCCTCTCCAGACCCGGAGGATGGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCCGGAAACCCTTTTCTTCTGTGGTGGCATCAACATTGTATTTCCGCAAATTTCAATTTCATGCTTCCTGACAGACTAATTCTCTACGGCTATTTGTGATTATTATTATCATCTTGTGGAGTATTTGTCCTTGGCGTGTGTAGAATTTGTGGTTTATTATCTGCTGCTTATGGCCACTAAGAAAATCATAGCCATATGCCAGTCTGGTGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026199
ATGGCCACTAAGAAAATCATAGCCATATGCCAGTCTGGTGGGGAATTTGTGACGAATAAAGATGATGGGTCATTATTTTATACTGGTGGGGAAGCTTATGCTCTGGACCTGGATCAGCAAACCCAATTGAAGGATTTTAAGCATGAACTTGCTGAAACTTTCCAGTGCTCTGCTGATGGCATGGCAATCAAATATTTTCTCCCGGGTAACAGAAAGACCTTGATCACCATATCCAAGGACAAAGACCTCAAGCGTATGGT...
LOC131026199
ATGCAAACTGATGATGCAATTGTTTTAGATGAGCCTATTGAAACTGTGCCACTTGCTGCATGCTCTTTTAGCAATGAAGAGAAGCACCGGAGAGCAGCAACTCAGTGGGAGAATATTATCACTGGTGTGGACCAAAGATTCAACACCTTTGCCGAATTCCGTGAAGCTCTTCATAAATACTCGATTGCCCATGGATTCACCTACAAATATAAGAAAAATGACAGCCATAGGGTGACTGCCAAGTGCAAAACAGAAGGTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811958.1
MATKKIIAICQSGGEFVTNKDDGSLFYTGGEAYALDLDQQTQLKDFKHELAETFQCSADGMAIKYFLPGNRKTLITISKDKDLKRMVNFFKDSDQVEVFVIAEEAAGRNVSNMPATASRSSRTTVSETAAIPSDVPLDLMQTDDAIVLDEPIETVPLAACSFSNEEKHRRAATQWENIITGVDQRFNTFAEFREALHKYSIAHGFTYKYKKNDSHRVTAKCKTEGCPWRIYASRLATTQLICIKKMNPEHTCGGATVKAG...
XP_057811960.1
MATKKIIAICQSGGEFVTNKDDGSLFYTGGEAYALDLDQQTQLKDFKHELAETFQCSADGMAIKYFLPGNRKTLITISKDKDLKRMVNFFKDSDQVEVFVIAEEAAGRNVSNMPATASRSSRTTVSETAAIPSDVPLDLMQTDDAIVLDEPIETVPLAACSFSNEEKHRRAATQWENIITGVDQRFNTFAEFREALHKYSIAHGFTYKYKKNDSHRVTAKCKTEGCPWRIYASRLATTQLICIKKMNPEHTCGGATVKAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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