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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002428

染色体: Chr05 坐标: 26746963-26749954 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002428
名称SmilChr05G002428
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26746963 - 26749954 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026201
GeneID131026201
locus_tag-
NCBI NameLOC131026201
原始查询SmilChr05G002428

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic
产物protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G06960 (PDE320)
pigment defective 320 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819881]
identity=50; qcov=1.08; evalue=3.09e-156; confidence=high
RiceOs01g0251000
-
identity=46.3; qcov=1.05; evalue=1.77e-127; confidence=high
GOGO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0034196 (acylglycerol transport); GO:0070300 (phosphatidic acid binding); GO:1990052 (ER to chloroplast lipid transport)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057811963.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057811963.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057811963.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811963.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26749125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:26749162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:26749174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B37,C11,C69,C76
Chr5:26749362 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B132
Chr5:26749362 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B132
Chr5:26749436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:26749517 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 8 B103,B13,B28,B31,B53,C33,C42,C78
Chr5:26749523 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C54
Chr5:26749523 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955980.1
GTGTTTATTGTTAGATCGATATCTCTGTTTAAACTGTGGTCAAATGTAGGGACGGTGATAGTACTCCCTCTCTCCCATCGAAAGTGGTGCATTTTTTTTAGCACGAAATTTAAGGAAAATAAGATTATAATGTGAAGGTGTGTAAATGTGTGTGTGATCATATTGTTTATAGTGTAAAAAAAAATACGCACCAATTTCGGTGAGAATAATTATTTTGGTGAAGAGGCAAAAAAAAGGAAATACTAAAATTTACATAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026201
ATGACGATGAAGAAGCTAAGATGGGCGATGGATGGGGAATTCTGGGAGCTGGACTTGTCGACGCCGGCGACGTTGGACGGAGTGGCGCGGCCGGTGGGAAGGGGGCTTCCGCTTCCGTTGGGGTTGAGCCGTGGGACTCGGCTGTCGCGGCCCAAGCAGATTGATTTCTTGCAGCGCTTCATGGCGGCGCCGTTGGTCCCCTCATTTTCCGATGGACTTGGGCTCTCTCTGCAGCGCCTCCTCCCTCTCCCTCTCCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811963.1
MTMKKLRWAMDGEFWELDLSTPATLDGVARPVGRGLPLPLGLSRGTRLSRPKQIDFLQRFMAAPLVPSFSDGLGLSLQRLLPLPLPSSARDACFTSLLGQFNVQQFAASLKGSESIWRQLSDPQFYALNFCWEWLITPQDTLLLTSEAHAHDKIPRKKAILHHKFPNHNLTVEASSPALFVDDGGNYWDVPFTLAMDVASIAPRSATSCHFCINHNAGSPRQRSLSSPIPPPTLLPGLSAKSAISFNKNFHIWKSHAPKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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