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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002429

染色体: Chr05 坐标: 26751519-26768610 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002429
名称SmilChr05G002429
描述uncharacterized SmilChr05G002429
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26751519 - 26768610 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026202
GeneID131026202
locus_tag-
NCBI NameLOC131026202
原始查询SmilChr05G002429

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834954]; symbol=AT5G48960; hit=AT5G48960; species=arabidopsis; confidence=high
产物HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834954]; symbol=AT5G48960; hit=AT5G48960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G48960 (AT5G48960)
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834954]
identity=81.6; qcov=0.921; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0250900
-
identity=80; qcov=0.886; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008253 (5'-nucleotidase activity)
KEGG-
PfamPF05761 (5_nucleotid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057811966.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057811964.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057811964.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057811966.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811964.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26751916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C83
Chr5:26752271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:26755372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:26755488 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A4
Chr5:26755488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:26755586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:26762159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:26768304 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A13
Chr5:26768304 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A13
Chr5:26768315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:26768419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C46,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811964.1
619 aa
N
1
310
619
5_nucleotid
C
PF05761 5_nucleotid 135-603 aa
XP_057811965.1
619 aa
N
1
310
619
5_nucleotid
C
PF05761 5_nucleotid 135-603 aa
XP_057811966.1
508 aa
N
1
254
508
5_nucleotid
C
PF05761 5_nucleotid 135-498 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811964.1 Pfam PF05761 5_nucleotid Family 135 603 4e-146 488.3 5' nucleotidase family
XP_057811965.1 Pfam PF05761 5_nucleotid Family 135 603 4e-146 488.3 5' nucleotidase family
XP_057811966.1 Pfam PF05761 5_nucleotid Family 135 498 9.9e-123 411.2 5' nucleotidase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955982.1
TTTTGGGATTAACGGGTCGTGGACGGTTGCTTGACTTATGTGCCCAAGAGACAAGGCAGAGGCACCGCAGCTATCCGTTGCCTGGGCTCCTCCTCCGCCGCCAAAGCTGTAAATTTGAAGTTCAATTTATAACAATGGCGGCTGCATACGGAAATGTAATTTTGGGGTGGAGGATGAGCAGTATGGATATTGGGATTTCCCGGCGAACGCAATGCTCCTCGGTCATCCTCCATTACTTTCCTTCTTCAGCTAGGGCTGTC...
XM_057955981.1
TTTTGGGATTAACGGGTCGTGGACGGTTGCTTGACTTATGTGCCCAAGAGACAAGGCAGAGGCACCGCAGCTATCCGTTGCCTGGGCTCCTCCTCCGCCGCCAAAGCTGTAAATTTGAAGTTCAATTTATAACAATGGCGGCTGCATACGGAAATGTAATTTTGGGGTGGAGGATGAGCAGTATGGATATTGGGATTTCCCGGCGAACGCAATGCTCCTCGGTCATCCTCCATTACTTTCCTTCTTCAGCTAGGGCTGTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026202
ATGGCGGCTGCATACGGAAATGTAATTTTGGGGTGGAGGATGAGCAGTATGGATATTGGGATTTCCCGGCGAACGCAATGCTCCTCGGTCATCCTCCATTACTTTCCTTCTTCAGCTAGGGCTGTCATGAACATGAAAATAAGATGTCGGTCCGCCACTACGGAGGACGAGGCGGCGGGGAACACTGGCATATTCTCTGTGACACCGTCCAGCGCCGCGGACTTTGACTACCTCGGCGAGAGCACCAAGGGCGATCTCAA...
LOC131026202
ATGGCGGCTGCATACGGAAATGTAATTTTGGGGTGGAGGATGAGCAGTATGGATATTGGGATTTCCCGGCGAACGCAATGCTCCTCGGTCATCCTCCATTACTTTCCTTCTTCAGCTAGGGCTGTCATGAACATGAAAATAAGATGTCGGTCCGCCACTACGGAGGACGAGGCGGCGGGGAACACTGGCATATTCTCTGTGACACCGTCCAGCGCCGCGGACTTTGACTACCTCGGCGAGAGCACCAAGGGCGATCTCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811964.1
MAAAYGNVILGWRMSSMDIGISRRTQCSSVILHYFPSSARAVMNMKIRCRSATTEDEAAGNTGIFSVTPSSAADFDYLGESTKGDLNLNFAINGEAGLEGPIEDVAKLEAQEAEHLLNHLGIPDPFSARHSSRGIFCSRTLNLRSISAIGYDMDYTLIHYNVAAWEGRAYDYCMDNLRNMGFPVDGLAFDPELVIRGLVIDKEKGNLVKADRFGYVKRAMHGTGMLSTQKVSEIYGRELVDLRKESRWEFLNTLFSVSEA...
XP_057811965.1
MAAAYGNVILGWRMSSMDIGISRRTQCSSVILHYFPSSARAVMNMKIRCRSATTEDEAAGNTGIFSVTPSSAADFDYLGESTKGDLNLNFAINGEAGLEGPIEDVAKLEAQEAEHLLNHLGIPDPFSARHSSRGIFCSRTLNLRSISAIGYDMDYTLIHYNVAAWEGRAYDYCMDNLRNMGFPVDGLAFDPELVIRGLVIDKEKGNLVKADRFGYVKRAMHGTGMLSTQKVSEIYGRELVDLRKESRWEFLNTLFSVSEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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