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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002444

染色体: Chr05 坐标: 26919557-26927052 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002444
名称SmilChr05G002444
描述uncharacterized SmilChr05G002444
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26919557 - 26927052 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026216
GeneID131026216
locus_tag-
NCBI NameLOC131026216
原始查询SmilChr05G002444

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os07g0108000; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os07g0108000; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G17370 (AT5G17370)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831603]
identity=39.8; qcov=1.08; evalue=5.95e-111; confidence=medium
RiceOs07g0108000
-
identity=39.5; qcov=1.1; evalue=3.77e-116; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF23761 (Beta-prop_DCAF4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811981.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057811981.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057811981.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811981.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811981.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26920130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B106,B2,C36
Chr5:26923042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B37
Chr5:26924494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B37
Chr5:26924508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:26925202 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 A6
Chr5:26925202 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 A6
Chr5:26925216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:26925512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,D7
Chr5:26925552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:26925582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr5:26925603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B93,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811981.1
471 aa
N
1
236
471
Beta-prop_DCAF4
WD40
WD40
C
PF23761 Beta-prop_DCAF4 206-418 aa PF00400 WD40 337-365 aa PF00400 WD40 378-411 aa
XP_057811982.1
470 aa
N
1
235
470
Beta-prop_DCAF4
WD40
WD40
C
PF23761 Beta-prop_DCAF4 206-418 aa PF00400 WD40 337-365 aa PF00400 WD40 378-411 aa
XP_057811983.1
467 aa
N
1
234
467
Beta-prop_DCAF4
WD40
WD40
C
PF23761 Beta-prop_DCAF4 206-418 aa PF00400 WD40 337-365 aa PF00400 WD40 378-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811981.1 Pfam PF23761 Beta-prop_DCAF4 Repeat 206 418 1.6e-23 83.9 DDB1- and CUL4-associated factor 4 beta-propeller domain
XP_057811981.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 337 365 7.6e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057811981.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 378 411 7.6e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057811982.1 Pfam PF23761 Beta-prop_DCAF4 Repeat 206 418 1.6e-23 83.9 DDB1- and CUL4-associated factor 4 beta-propeller domain
XP_057811982.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 337 365 7.6e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057811982.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 378 411 7.6e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057811983.1 Pfam PF23761 Beta-prop_DCAF4 Repeat 206 418 1.5e-23 84.0 DDB1- and CUL4-associated factor 4 beta-propeller domain
XP_057811983.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 337 365 7.4e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057811983.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 378 411 7.4e-08 33.3 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955998.1
GAATTTGAAGAATAACCATGTGAAGTGTGTCAAAAAGATTTGGTGCTCTCCCTCAAGAATAAAAGCGAGGAAAAACAAAACGGTAGTTAATTAAATAAATTCGGGGATGGAGGCGGCGCTGCATCAAATTGAAAGGGCACACTGGGCCGAAGAAGCCGAAATCCGCAGCAGAGAGATTTAGGTTGGTGACATGTAAAGGCAGAGGCCGCAATCTTGCCCTTACAGCACCTGATTTGCTCACGACCTCTCGCTCCCTGCTA...
XM_057956000.1
ATAACCATGTGAAGTGTGTCAAAAAGATTTGGTGCTCTCCCTCAAGAATAAAAGCGAGGAAAAACAAAACGGTAGTTAATTAAATAAATTCGGGGATGGAGGCGGCGCTGCATCAAATTGAAAGGGCACACTGGGCCGAAGAAGCCGAAATCCGCAGCAGAGAGATTTAGGTTGGTGACATGTAAAGGCAGAGGCCGCAATCTTGCCCTTACAGCACCTGATTTGCTCACGACCTCTCGCTCCCTGCTAGATACTGCTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026216
ATGCCGAAAGACCTTCCGGGATTTTACTTTGACGCGGAGAAGAATCGGTATTTTCCTTACAAAGGGCCTATTCCGGGTTCTTCCACAAAACCTCCTCCTTCAAGGCCACCACCCTCCCACCAACCCCAGGCAGACAGCTCATGCCAAAGCATAAAATTGAGACAAAAGCTGATCCAGTCCAGGGAGTTGTGGGGTAATGTAATTTTTTGCCGCAAAGAGAAGCTTAACTTCCAATCCTTCTACCAAAAATACCATGCATC...
LOC131026216
ATGCCGAAAGACCTTCCGGGATTTTACTTTGACGCGGAGAAGAATCGGTATTTTCCTTACAAAGGGCCTATTCCGGGTTCTTCCACAAAACCTCCTCCTTCAAGGCCACCACCCTCCCACCAACCCCAGGCAGACAGCTCATGCCAAAGCATAAAATTGAGACAAAAGCTGATCCAGTCCAGGGAGTTGTGGGGTAATGTAATTTTTTGCCGCAAAGAGAAGCTTAACTTCCAATCCTTCTACCAAAAATACCATGCATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811981.1
MPKDLPGFYFDAEKNRYFPYKGPIPGSSTKPPPSRPPPSHQPQADSSCQSIKLRQKLIQSRELWGNVIFCRKEKLNFQSFYQKYHASQPMIWKYKGTKKIANIALGHVVADVSSQHGLMERDILVSVGANGLLCLFPVGQAEQEVDPMETHKADLVWPPNSDILPRRKELVKQLGSSYGSMTYLTSDVSSIKLLRKSCLPADIMSKHFLITTLGSESASGSVYLLDLSKPLHFGASVPIQEFHELASFEQTLWAADCDPE...
XP_057811982.1
MPKDLPGFYFDAEKNRYFPYKGPIPGSSTKPPPSRPPPSHQPQADSSCQSIKLRQKLIQSRELWGNVIFCRKEKLNFQSFYQKYHASQPMIWKYKGTKKIANIALGHVVADVSSQHGLMERDILVSVGANGLLCLFPVGQAEQEVDPMETHKADLVWPPNSDILPRRKELVKQLGSSYGSMTYLTSDVSSIKLLRKSCLPADIMSKHFLITTLGSESASGSVYLLDLSKPLHFGASVPIQEFHELASFEQTLWAADCDPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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