Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002457`

染色体: Chr05 坐标: 27114622-27115737 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002457`
名称	SmilChr05G002457
描述	40S ribosomal protein S28-2
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	27114622 - 27115737 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026231`
GeneID	`131026231`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026231`
原始查询	`SmilChr05G002457`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S28-2
产物	40S ribosomal protein S28-2
Arabidopsis	`AT5G64140` (RPS28) ribosomal protein S28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836535] identity=89.2; qcov=1; evalue=2.95e-35; confidence=medium
Rice	`Os10g0411700` (OsRPS28) - identity=89.2; qcov=1; evalue=4.26e-37; confidence=medium
GO	GO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0030490 (maturation of SSU-rRNA)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01200 (Ribosomal_S28e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057812001.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057812001.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057812001.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057812001.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812001.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:27114815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B131,C42
`Chr5:27114893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B119,B134
`Chr5:27114901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812001.1

65 aa

Ribosomal_S28e

PF01200 Ribosomal_S28e 4-64 aa

XP_057812002.1

65 aa

Ribosomal_S28e

PF01200 Ribosomal_S28e 4-64 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812001.1`	Pfam	`PF01200`	Ribosomal_S28e	Domain	4	64	5.2e-32	110.3	Ribosomal protein S28e
`XP_057812002.1`	Pfam	`PF01200`	Ribosomal_S28e	Domain	4	64	5.2e-32	110.3	Ribosomal protein S28e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956018.1
ATAAATAAGAACCCCTGCTAGGGTTTTTTCGCCTCTTAATTCTCGATTGCCCCCATTCAACAATCTGTGCAGCGGCTGCTCTTTTCTCCTTTTGCTCTGCAGAATGGAATCCCAAATCAAGCATGCAGTGGTGGTCAAGGTCATTGGCAGGACCGGATCCCGTGGGCAGGTGACTCAGGTCAGAGTGAAATTCATTGATGATCAGAACCGTTTCATCATGAGAAACGTCAAGGGACCGGTTAGGGAGGGCGACATCCTCA...

XM_057956019.1
ATTTGTTCTCCTTTTGCTCTGCAGAATGGAATCCCAAATCAAGCATGCAGTGGTGGTCAAGGTCATTGGCAGGACCGGATCCCGTGGGCAGGTGACTCAGGTCAGAGTGAAATTCATTGATGATCAGAACCGTTTCATCATGAGAAACGTCAAGGGACCGGTTAGGGAGGGCGACATCCTCACCTTGTTGGAGTCTGAGAGAGAGGCTAGGAGACTCCGCTGATTTCTCAGCATCATTTCTTCTTGTGGCAATACTTTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131026231
ATGGAATCCCAAATCAAGCATGCAGTGGTGGTCAAGGTCATTGGCAGGACCGGATCCCGTGGGCAGGTGACTCAGGTCAGAGTGAAATTCATTGATGATCAGAACCGTTTCATCATGAGAAACGTCAAGGGACCGGTTAGGGAGGGCGACATCCTCACCTTGTTGGAGTCTGAGAGAGAGGCTAGGAGACTCCGCTGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057812001.1
MESQIKHAVVVKVIGRTGSRGQVTQVRVKFIDDQNRFIMRNVKGPVREGDILTLLESEREARRLR

XP_057812002.1
MESQIKHAVVVKVIGRTGSRGQVTQVRVKFIDDQNRFIMRNVKGPVREGDILTLLESEREARRLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器