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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002459

染色体: Chr05 坐标: 27121433-27124511 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002459
名称SmilChr05G002459
描述uncharacterized SmilChr05G002459
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27121433 - 27124511 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026233
GeneID131026233
locus_tag-
NCBI NameLOC131026233
原始查询SmilChr05G002459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述GRF zinc finger / Zinc knuckle protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831239]; symbol=AT5G13920; hit=AT5G13920; species=arabidopsis; confidence=low
产物GRF zinc finger / Zinc knuckle protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831239]; symbol=AT5G13920; hit=AT5G13920; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G13920 (AT5G13920)
GRF zinc finger / Zinc knuckle protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831239]
identity=43.4; qcov=0.398; evalue=2.17e-06; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026233

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057812003.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057812003.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057812003.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812003.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812003.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27121585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:27121639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:27121736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B68,B72,D3
Chr5:27121762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:27121863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B139,B75
Chr5:27121867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,C15,C34,C70
Chr5:27121869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956020.1
CTGGTGGAACAGCAACATTGGTGAACCAGCGGCGCCCTCCAAATCAGGGAAATATATTGAGGAACGCCTTCACAGATCCGATAACCACAAAGGGATGGACGCTGCTTACGAGGACTCGACACCACCTCCTCAGTGTAGTTGTGGCAATGGTATCATGAAGCTAAAGTGTGCCGGCTACGGCTCAAGGAACCCCGGCCGTTTTTACTACAAATGTCCAACGGGTAAAGATCATTGGAAGGGATTCCACTGGTATGACGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026233
ATGGACGCTGCTTACGAGGACTCGACACCACCTCCTCAGTGTAGTTGTGGCAATGGTATCATGAAGCTAAAGTGTGCCGGCTACGGCTCAAGGAACCCCGGCCGTTTTTACTACAAATGTCCAACGGGTAAAGATCATTGGAAGGGATTCCACTGGTATGACGAGTACCATCAGCTTGGTACACAAGAAGTGCCTCGGACGATCGGATCCTCTTTACGCCAAGGATTCAGCCAAGTTGTTTTGTCGTCACCTGTATCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812003.1
MDAAYEDSTPPPQCSCGNGIMKLKCAGYGSRNPGRFYYKCPTGKDHWKGFHWYDEYHQLGTQEVPRTIGSSLRQGFSQVVLSSPVSPNGISGLEMSGMGLGYNAPRGIFEFICAALCFTIFVLILGILIGKFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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