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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002465

染色体: Chr05 坐标: 27168820-27171929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002465
名称SmilChr05G002465
描述uncharacterized SmilChr05G002465
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27168820 - 27171929 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026239
GeneID131026239
locus_tag-
NCBI NameLOC131026239
原始查询SmilChr05G002465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0665100; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0665100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G44730 (AT5G44730)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834502]
identity=75.5; qcov=0.991; evalue=1.04e-127; confidence=high
RiceOs06g0665100
-
identity=76.5; qcov=0.977; evalue=9.72e-133; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00702 (Hydrolase); PF13242 (Hydrolase_like); PF13419 (HAD_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812015.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057812017.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812017.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057812015.1
5 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057812017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27170844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:27170991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:27171242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B22,B36,D5
Chr5:27171317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:27171521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B125,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812015.1
252 aa
N
1
126
252
Hydrolase
HAD_2
Hydrolase_like
C
PF00702 Hydrolase 8-211 aa PF13419 HAD_2 83-215 aa PF13242 Hydrolase_like 172-239 aa
XP_057812016.1
252 aa
N
1
126
252
Hydrolase
HAD_2
Hydrolase_like
C
PF00702 Hydrolase 8-211 aa PF13419 HAD_2 83-215 aa PF13242 Hydrolase_like 172-239 aa
XP_057812017.1
222 aa
N
1
111
222
Hydrolase
HAD_2
Hydrolase_like
C
PF00702 Hydrolase 40-181 aa PF13419 HAD_2 53-185 aa PF13242 Hydrolase_like 142-209 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812015.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 8 211 3.8e-20 73.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812015.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 83 215 2e-08 35.2 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812015.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 172 239 5e-07 30.3 HAD-hyrolase-like
XP_057812016.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 8 211 3.8e-20 73.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812016.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 83 215 2e-08 35.2 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812016.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 172 239 5e-07 30.3 HAD-hyrolase-like
XP_057812017.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 40 181 1.5e-16 62.1 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812017.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 53 185 1.5e-08 35.6 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057812017.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 142 209 3.9e-07 30.6 HAD-hyrolase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956033.1
AGTTAATGAGATTTTGGGTTGGGTATGATTCGTATGAAAAGTGAAAACCAGAGGCTGAAGTCCATGGTTTTCTGAATTCTAACGCCGCCGTTCGCAAATTGAATTTCGTTTAGTTTGCCTTTTTCAAATTTCTATGTTTTATCAAAAATAATGACACGCAATTTGAAATGCTTTATCCATTTAATTTCAGATACTTATATGAGAATATAGAAAGATAAGAAAATGCAGAGCGAGAATATAAAAACAAATAAATAGTGAAA...
XM_057956032.1
ATGAGATTTTGGGTTGGGTATGATTCGTATGAAAAGTGAAAACCAGAGGCTGAAGTCCATGGTTTTCTGAATTCTAACGCCGCCGTTCGCAAATTGAATTTCGTTTAGTTTGCCTTTTTCAAATTTCTATGTTTTATCAAAAATAATGACACGCAATTTGAAATGCTTTATCCATTTAATTTCAGATACTTATATGAGAATATAGAAAGATAAGAAAATGCAGAGCGAGAATATAAAAACAAATAAATAGTGAAATCCTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026239
ATGTCTATGCTATCAAAGTTACGTTTAATAACTGTTGATGTTACTGGCACGCTAATTGCGTACAAAGGGGAGCTTGGTGACTACTATTGCATGGCAGCAAAATCAATTGGACTCCCATGTCCTGACTATAAACGAGTACACGAAGGTTTTAAAGATGCTTATACGGAGATGGCAAAGAAGCATCCATGTTTTGGATTTGCAGAGAAGATACCCAACATTGTTTGGTGGAAGACATGTGTGCGGGATTCTTTTGTCCGGGC...
LOC131026239
ATGTCTATGCTATCAAAGTTACGTTTAATAACTGTTGATGTTACTGGCACGCTAATTGCGTACAAAGGGGAGCTTGGTGACTACTATTGCATGGCAGCAAAATCAATTGGACTCCCATGTCCTGACTATAAACGAGTACACGAAGGTTTTAAAGATGCTTATACGGAGATGGCAAAGAAGCATCCATGTTTTGGATTTGCAGAGAAGATACCCAACATTGTTTGGTGGAAGACATGTGTGCGGGATTCTTTTGTCCGGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057812015.1
MSMLSKLRLITVDVTGTLIAYKGELGDYYCMAAKSIGLPCPDYKRVHEGFKDAYTEMAKKHPCFGFAEKIPNIVWWKTCVRDSFVRAGYDYDEETFEKIFRRVYATFGSSAPYTIFPDSQPFLRWLRGKGVIVGIVSNSEYRYPDVILPALSLHKGSEWDFGVFSGLEGVEKPDKRLYEIALERAGNIAPEEALHIGDSMRKDYIPAKSVGMHALLLDRFQTPDAQNWRKSGAIVLPDLIAAQQWLSSEPQS
XP_057812016.1
MSMLSKLRLITVDVTGTLIAYKGELGDYYCMAAKSIGLPCPDYKRVHEGFKDAYTEMAKKHPCFGFAEKIPNIVWWKTCVRDSFVRAGYDYDEETFEKIFRRVYATFGSSAPYTIFPDSQPFLRWLRGKGVIVGIVSNSEYRYPDVILPALSLHKGSEWDFGVFSGLEGVEKPDKRLYEIALERAGNIAPEEALHIGDSMRKDYIPAKSVGMHALLLDRFQTPDAQNWRKSGAIVLPDLIAAQQWLSSEPQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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