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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002469

染色体: Chr05 坐标: 27197624-27207135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002469
名称SmilChr05G002469
描述DNA polymerase eta
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27197624 - 27207135 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026241
GeneID131026241
locus_tag-
NCBI NameLOC131026241
原始查询SmilChr05G002469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA polymerase eta
产物DNA polymerase eta
ArabidopsisAT5G44740 (POLH)
Y-family DNA polymerase H [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834503]
identity=73.7; qcov=0.676; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0757800 (XPV)
-
identity=69.4; qcov=0.659; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0003887 (DNA-directed DNA polymerase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005657 (replication fork); GO:0009314 (response to radiation); GO:0035861 (site of double-strand break); GO:0042276 (error-prone translesion synthesis)
KEGGsmil03460 (Fanconi anemia pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00817 (IMS); PF11799 (IMS_C); PF21704 (POLH-Rev1_HhH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812019.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057812019.1
3 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057812019.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812019.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812019.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27199547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B99,C43
Chr5:27199574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:27199649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:27199651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B91,D6
Chr5:27199733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:27200318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C82
Chr5:27200338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:27200548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:27201403 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B114,B125,B26,B32,B57,B64,C1,C75,C76,D11
Chr5:27201440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B64,C1,C75
Chr5:27202042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:27202100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B112,B99,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812019.1
778 aa
N
1
389
778
IMS
POLH-Rev1_HhH
IMS_C
C
PF00817 IMS 100-304 aa PF21704 POLH-Rev1_HhH 328-382 aa PF11799 IMS_C 393-521 aa
XP_057812020.1
775 aa
N
1
388
775
IMS
POLH-Rev1_HhH
IMS_C
C
PF00817 IMS 100-304 aa PF21704 POLH-Rev1_HhH 328-382 aa PF11799 IMS_C 393-521 aa
XP_057812021.1
704 aa
N
1
352
704
IMS
POLH-Rev1_HhH
IMS_C
C
PF00817 IMS 100-304 aa PF21704 POLH-Rev1_HhH 328-382 aa PF11799 IMS_C 393-521 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812019.1 Pfam PF00817 IMS Family 100 304 2.3e-41 141.9 impB/mucB/samB family
XP_057812019.1 Pfam PF21704 POLH-Rev1_HhH Motif 328 382 7.7e-22 78.0 DNApol eta/Rev1, HhH motif
XP_057812019.1 Pfam PF11799 IMS_C Domain 393 521 1.1e-08 36.2 impB/mucB/samB family C-terminal domain
XP_057812020.1 Pfam PF00817 IMS Family 100 304 2.3e-41 141.9 impB/mucB/samB family
XP_057812020.1 Pfam PF21704 POLH-Rev1_HhH Motif 328 382 7.6e-22 78.0 DNApol eta/Rev1, HhH motif
XP_057812020.1 Pfam PF11799 IMS_C Domain 393 521 1.1e-08 36.2 impB/mucB/samB family C-terminal domain
XP_057812021.1 Pfam PF00817 IMS Family 100 304 1.9e-41 142.1 impB/mucB/samB family
XP_057812021.1 Pfam PF21704 POLH-Rev1_HhH Motif 328 382 6.5e-22 78.2 DNApol eta/Rev1, HhH motif
XP_057812021.1 Pfam PF11799 IMS_C Domain 393 521 9.1e-09 36.4 impB/mucB/samB family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956038.1
TTTGGTTTCAATTTTCGCCATCGGTTCGGTTTTCGGTTTTGAGTTTTTGGTTCGGTTTTGCACCGAACCGAACCGATGCTCACCCCTATTTGTCAAGTTAGTTGTAAATTATTTTTTTAATCATGAGAATTAATTTTATTATTCAAAAAACATTTAACAAATGAAATATATAAAATTATTATTTAATGAACATATTCGCGAGCCTATTCGCAAATATATTCGTGAGCCTATTCGCAAACCTATTCGCGAATAAGCTCGCG...
XM_057956037.1
TTCAATTTTCGCCATCGGTTCGGTTTTCGGTTTTGAGTTTTTGGTTCGGTTTTGCACCGAACCGAACCGATGCTCACCCCTATTTGTCAAGTTAGTTGTAAATTATTTTTTTAATCATGAGAATTAATTTTATTATTCAAAAAACATTTAACAAATGAAATATATAAAATTATTATTTAATGAACATATTCGCGAGCCTATTCGCAAATATATTCGTGAGCCTATTCGCAAACCTATTCGCGAATAAGCTCGCGAAGGTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026241
ATGGATGAAGGGAGTAAGAAGTTCACGGCCTTCTCAACTCCACAGGGTCATTATAGTCTGAAATGTCATGCATATGGAGCTAGTGCTAAAGGGCCGCTCCTTTCTTTGGGCTTTGTTGCGAGCTTTGCGAATTTTGTTCATTCGCGCGACAGGAAAACAAAGAGGAGTCGAATTGAAGGAGATTGTGGAGGGAAAAGAGGAGCAGGGTTCCACTCAAGTCCGGAAACACGCGGGACAGAAATTCCCAAGATGCCGGTGGC...
LOC131026241
ATGGATGAAGGGAGTAAGAAGTTCACGGCCTTCTCAACTCCACAGGGTCATTATAGTCTGAAATGTCATGCATATGGAGCTAGTGCTAAAGGGCCGCTCCTTTCTTTGGGCTTTGTTGCGAGCTTTGCGAATTTTGTTCATTCGCGCGACAGGAAAACAAAGAGGAGTCGAATTGAAGGAGATTGTGGAGGGAAAAGAGGAGCAGGGTTCCACTCAAGTCCGGAAACACGCGGGACAGAAATTCCCAAGATGCCGGTGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057812019.1
MDEGSKKFTAFSTPQGHYSLKCHAYGASAKGPLLSLGFVASFANFVHSRDRKTKRSRIEGDCGGKRGAGFHSSPETRGTEIPKMPVARPEISDSRVIAHVDMDCFYVQVEQRKQPSLRGQPTAVVQYNSWKGGGLIAVGYEARAYGVKRSMRGDEAKKVCPAIQLVQVPVGRGKADLTVYRDAGSEVVSILSSKGRCERASIDEVYLDLTEAAETMLAENPPESLEAIGEEALKSHILGLHLDGADNRDRVREWFLMSNA...
XP_057812020.1
MDEGSKKFTAFSTPQGHYSLKCHAYGASAKGPLLSLGFVASFANFVHSRDRKTKRSRIEGDCGGKRGAGFHSSPETRGTEIPKMPVARPEISDSRVIAHVDMDCFYVQVEQRKQPSLRGQPTAVVQYNSWKGGGLIAVGYEARAYGVKRSMRGDEAKKVCPAIQLVQVPVGRGKADLTVYRDAGSEVVSILSSKGRCERASIDEVYLDLTEAAETMLAENPPESLEAIGEEALKSHILGLHLDGADNRDRVREWFLMSNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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