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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002470

染色体: Chr05 坐标: 27218431-27222151 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002470
名称SmilChr05G002470
描述GTP-binding protein ERG
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27218431 - 27222151 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026244
GeneID131026244
locus_tag-
NCBI NameLOC131026244
原始查询SmilChr05G002470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GTP-binding protein ERG
产物GTP-binding protein ERG
ArabidopsisAT1G30960 (AT1G30960)
GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839983]
identity=60.1; qcov=1.04; evalue=6.39e-179; confidence=high
RiceOs08g0207600 (OJ1734_E04.12)
-
identity=72.3; qcov=0.671; evalue=6.94e-160; confidence=high
GOGO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0005525 (GTP binding); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0043024 (ribosomal small subunit binding)
KEGG-
PfamPF01926 (MMR_HSR1); PF07650 (KH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026244

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812024.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057812024.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812024.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812024.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27218723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C6
Chr5:27218744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B136,B140,B58,C33
Chr5:27218802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,D7
Chr5:27218809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,C9
Chr5:27218903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr5:27219002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C43
Chr5:27220670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr5:27221287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C43
Chr5:27221419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C74
Chr5:27221796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812024.1
435 aa
N
1
218
435
MMR_HSR1
KH_2
C
PF01926 MMR_HSR1 154-278 aa PF07650 KH_2 362-434 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812024.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 154 278 1.5e-16 61.3 50S ribosome-binding GTPase
XP_057812024.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 362 434 8.3e-09 35.9 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956041.1
AAAATAATTAGTACTATTAAGTCAAAAATAAATAAGGAGCCCGACGTTTTCTTCCCCCACATTCACCACTGCTAAACCCTCGCAAAACCCTCATTTCCTCTTGCAGCTTCACATATTATTGCAAAATCAATTGCTCTTTGTTCCCTCCCTCTTGCCGTTTATGCACACCTTTGTTTATCAGTAGATGCAGATTTATGCATATGAATAGGGGGCGTTATAGATATTCGTCATCGCCATTAAGCAGAGCTTGAAATGAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026244
ATGAAAGCAGTAAGGTCGCTGAGACGATTAAGCCCAATCGCCGCTGCTCTATCTCCCAACACACAAAAACCATTCAAAGATTCCGCCTTTCTTGGCCGTCTCTACTCTGCGCAGCCGCAGCACGATGACCTTTCGCCGCCGAACCCCGAGGAATTATCCGCCCAAGATGCCGTGTTCGATAGTTCTCATTTTGATGATATAAATCTCAATCCCAGTGGCGGGGGTAGTGCCCGTAGCAGTAATCAGGTGTCAACGTGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812024.1
MKAVRSLRRLSPIAAALSPNTQKPFKDSAFLGRLYSAQPQHDDLSPPNPEELSAQDAVFDSSHFDDINLNPSGGGSARSSNQVSTWDEKYRDRVKSQVFGESVSHLRILQREEEKKRKAGRLANELLEAALDEGESEDDEVREVTEEEQKSLAVGIIGAPNAGKSALTNYMVGTKVSAVSRKVHTTTHEVLGVLTKGDTQICFFDTPGLMLKKSGFPYNDIKARNESAWGSVSLYNVLIVVFDVHRHITRPDSRVVRLIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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