当前解析结果
SmilChr05G002470| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002470 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002470 |
| 描述 | GTP-binding protein ERG |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 27218431 - 27222151 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026244 |
|---|---|
| GeneID | 131026244 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026244 |
| 原始查询 | SmilChr05G002470 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GTP-binding protein ERG |
| 产物 | GTP-binding protein ERG |
| Arabidopsis | AT1G30960 (AT1G30960)GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839983] identity=60.1; qcov=1.04; evalue=6.39e-179; confidence=high |
| Rice | Os08g0207600 (OJ1734_E04.12)- identity=72.3; qcov=0.671; evalue=6.94e-160; confidence=high |
| GO | GO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0005525 (GTP binding); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0043024 (ribosomal small subunit binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01926 (MMR_HSR1); PF07650 (KH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026244 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057812024.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057812024.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812024.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812024.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812024.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:27218723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,C6 |
Chr5:27218744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B136,B140,B58,C33 |
Chr5:27218802 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,B79,D7 |
Chr5:27218809 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C83,C9 |
Chr5:27218903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr5:27219002 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C43 |
Chr5:27220670 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr5:27221287 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,C43 |
Chr5:27221419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,C74 |
Chr5:27221796 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812024.1PF01926
MMR_HSR1 154-278 aa
PF07650
KH_2 362-434 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812024.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 154 | 278 | 1.5e-16 | 61.3 | 50S ribosome-binding GTPase |
XP_057812024.1 |
Pfam | PF07650 |
KH_2 | Domain | 362 | 434 | 8.3e-09 | 35.9 | KH domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。